LXL04_029752 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029752

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 99221046-99221582 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

537 bp · LXL04_029752|LXL04_029752|OH1004|cDNA

ATGGCCACCACCACCGTAAAAAACAAGACACTTTCCGGCGTCGGGAACCTCATAAAGCTCCTGCCAACCGGCACCGTCTTCACCTTCCAGTTCCTCAACCCTGTACTGACCAACAGCGGTCAGTGCACCACCGTCAACAAATACATGTCCTCCATTCTCATCACCCTCTGCGGCCTCTCCTGCATCTTCTCTTCCTTCACCGACAGCTACGAGGATGACAACGGAACCACCCATTACGGAATTGCTACCGCTAAAGGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

537 bp · LXL04_029752|LXL04_029752|OH1004|CDS

ATGGCCACCACCACCGTAAAAAACAAGACACTTTCCGGCGTCGGGAACCTCATAAAGCTCCTGCCAACCGGCACCGTCTTCACCTTCCAGTTCCTCAACCCTGTACTGACCAACAGCGGTCAGTGCACCACCGTCAACAAATACATGTCCTCCATTCTCATCACCCTCTGCGGCCTCTCCTGCATCTTCTCTTCCTTCACCGACAGCTACGAGGATGACAACGGAACCACCCATTACGGAATTGCTACCGCTAAAGGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

178 aa · LXL04_029752|LXL04_029752|OH1004|PROTEIN

MATTTVKNKTLSGVGNLIKLLPTGTVFTFQFLNPVLTNSGQCTTVNKYMSSILITLCGLSCIFSSFTDSYEDDNGTTHYGIATAKGFWPSPQPSSGVDVSKYKLRIGDFVHAVFTVVVFAVVALLDDNTVECLYPAFETNNKMLMMVVPPVIGAISGTVFMVFPNTRHGIGYPSAARE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029752`
TK1151 ID	TkA07G343810
OH-1004 ID	LXL04_029752
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029752

位置 Chr06:99221046-99221582 (+)

描述 Similar to DMP2: Protein DMP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g21550`	参与膜重塑。	暂无已核实直接文献
`At3g21520`	参与膜重塑，包括在叶衰老过程中内质网（ER）和液泡膜的分裂，以及在根部液泡生物发生过程中的膜融合。	Arabidopsis senescence-associated protein DMP1 is involved in membrane remodeling of the ER and tonoplast.2012 · DOI: 10.1186/1471-2229-12-54
`At5g46090`	参与膜重塑。	暂无已核实直接文献
`At4g24310`	参与膜重塑。	暂无已核实直接文献
`At4g18425`	参与膜重塑。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029752 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009838 abscission 生物过程

GO:0010256 endomembrane system organization 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:0090148 membrane fission 生物过程

GO:0090158 endoplasmic reticulum membrane organization 生物过程

GO:0090693 plant organ senescence 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21520

ath:AT3G21550

ath:AT4G18425

ath:AT4G24310

ath:AT5G46090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.357

排名 1 · LXL04_029752 · OH-1004

细胞膜0.317

排名 2 · LXL04_029752 · OH-1004

内质网0.255

排名 3 · LXL04_029752 · OH-1004

细胞质0.177

排名 4 · LXL04_029752 · OH-1004

高尔基体0.135

排名 5 · LXL04_029752 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05078.18DUF67913-172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029752	`PF05078.18`	DUF679	13	172	5.3e-66	222.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVF1`	拟南芥	Protein DMP2	59.538%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LVF4`	拟南芥	Protein DMP1	54.971%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FNL3`	拟南芥	Protein DMP6	44.571%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9STW3`	拟南芥	Protein DMP3	45.930%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8L928`	拟南芥	Protein DMP4	43.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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