LXL04_029596 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029596

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 95113472-95124921 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1040 bp · LXL04_029596|LXL04_029596|OH1004|cDNA

CATAGAAATTCTTGTACGTATATCAAGATTCTATTATATTCTCAATGTCTTCTGATTTGTTTGAATTTGAGGAGTGTTTCTTCACTGATCCTTTCTCTCCACTAAATGATTGTTCCTCCATTGACATCCTCAAAGCTTTTCAAGAAAATACTTACAATTTTAACCCTTCGTCATCAACCTTGACGAATGAAAATATCGACATCCCATTTAATGAAATTGACCAAATTGCCCTCACCAACAAACCCACCATCGTGTCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1029 bp · LXL04_029596|LXL04_029596|OH1004|CDS

TTGTACGTATATCAAGATTCTATTATATTCTCAATGTCTTCTGATTTGTTTGAATTTGAGGAGTGTTTCTTCACTGATCCTTTCTCTCCACTAAATGATTGTTCCTCCATTGACATCCTCAAAGCTTTTCAAGAAAATACTTACAATTTTAACCCTTCGTCATCAACCTTGACGAATGAAAATATCGACATCCCATTTAATGAAATTGACCAAATTGCCCTCACCAACAAACCCACCATCGTGTCTTCTTCCCCACCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

342 aa · LXL04_029596|LXL04_029596|OH1004|PROTEIN

MYVYQDSIIFSMSSDLFEFEECFFTDPFSPLNDCSSIDILKAFQENTYNFNPSSSTLTNENIDIPFNEIDQIALTNKPTIVSSSPPSRQLGSLSLYQMGNSVNSLESCPPEVKMEKSQLPFYDYVVKNDSFLPHSYGGGENVMKMMQRSYSSISFDRRPNGVIFQPKFDSLIESSNLHSLSLTSPDHGFTSNHMRRVCSTGDLQSLKPNQRGEKLSSSPLATEGSFVEEVNFKVGRYSPEERKERILKYKAKRTQRNFNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029596`
TK1151 ID	TkA07G327530
OH-1004 ID	LXL04_029596
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.667 / OH-1004 86.550 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029596

位置 Chr06:95113472-95124921 (+)

描述 Similar to COL1: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15850`	假定转录因子，可能参与昼夜节律钟的光输入，但不影响开花时间。	暂无已核实直接文献
`At2g24790`	锌指蛋白CONSTANS-LIKE 3。	暂无已核实直接文献
`At5g15840`	转录因子，在长日照开花途径中起作用，可能在生物钟与开花控制之间起媒介作用。	暂无已核实直接文献
`At3g02380`	推测的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0240200`	可能是一个转录因子，参与短日（SD）条件下开花时间的调控。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029596 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010018 far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010161 red light signaling pathway 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0048577 negative regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24790

ath:AT3G02380

ath:AT5G15840

ath:AT5G15850

dosa:Os09g0240200

osa:4346474

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.785

排名 1 · LXL04_029596 · OH-1004

细胞质0.328

排名 2 · LXL04_029596 · OH-1004

细胞膜0.043

排名 3 · LXL04_029596 · OH-1004

内质网0.027

排名 4 · LXL04_029596 · OH-1004

线粒体0.022

排名 5 · LXL04_029596 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06203.20CCT242-284 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029596	`PF06203.20`	CCT	242	284	2.3e-18	66.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O50055`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 1	50.909%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SK53`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 3	53.846%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q39057`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS	43.939%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q96502`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2	52.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O82117`	水稻	Zinc finger protein CO3	30.065%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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