LXL04_029529 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029529

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 93103105-93105709 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

990 bp · LXL04_029529|LXL04_029529|OH1004|cDNA

ATGGTGAGAGCAACAAAGCGAAGCGAAGTTGTGCTTGAGGTGGTTGTACTTTCCCTAATATTCGGCGTTTCATTGGTTTTCGCTGGAGATATTGTACACCAGGACAATATAGCACCTAAGAGACCTGGATGTGATAACAACTTCGTGCTGGTGAAAGTTCCAACTTGGATTGGTAACAATGGAGAAGAAGAATTTGTAGGTGTAGGTGCCCGATTTGGACCTTCTTTAGAATCAAAGGAGAAGGACGCTACTAAAAGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

990 bp · LXL04_029529|LXL04_029529|OH1004|CDS

ATGGTGAGAGCAACAAAGCGAAGCGAAGTTGTGCTTGAGGTGGTTGTACTTTCCCTAATATTCGGCGTTTCATTGGTTTTCGCTGGAGATATTGTACACCAGGACAATATAGCACCTAAGAGACCTGGATGTGATAACAACTTCGTGCTGGTGAAAGTTCCAACTTGGATTGGTAACAATGGAGAAGAAGAATTTGTAGGTGTAGGTGCCCGATTTGGACCTTCTTTAGAATCAAAGGAGAAGGACGCTACTAAAAGCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

329 aa · LXL04_029529|LXL04_029529|OH1004|PROTEIN

MVRATKRSEVVLEVVVLSLIFGVSLVFAGDIVHQDNIAPKRPGCDNNFVLVKVPTWIGNNGEEEFVGVGARFGPSLESKEKDATKSRVTLADHPDFISNQGSLVPNTALGRFSSSGYSEDELLPMVASKNLTLSYSSESSIEVELKRERTADPITILVLFGLSGVMLVMLSVIVLVVFFQCSWSKIKIYTRHHGSHSFFCFGCNNQRKPRLLTQYMKNDGMIAEARSFKLDQILSLYIAVSYWVETKTQPKTSPALADEH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029529`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029529

位置 Chr06:93103105-93105709 (-)

描述 Similar to SPPL4: Signal peptide peptidase-like 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01650`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献
`At1g63690`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献
`At1g05820`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0823000`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献
`Os06g0730900`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029529 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0033619 membrane protein proteolysis 生物过程

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0030660 Golgi-associated vesicle membrane 细胞组分

GO:0098553 lumenal side of endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0098554 cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0042500 aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01650

ath:AT1G05820

ath:AT1G63690

dosa:Os02g0823000

dosa:Os06g0730900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.281

排名 1 · LXL04_029529 · OH-1004

细胞膜0.249

排名 2 · LXL04_029529 · OH-1004

细胞核0.233

排名 3 · LXL04_029529 · OH-1004

细胞质0.170

排名 4 · LXL04_029529 · OH-1004

高尔基体0.136

排名 5 · LXL04_029529 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WMJ8`	拟南芥	Signal peptide peptidase-like 4	59.259%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8W469`	拟南芥	Signal peptide peptidase-like 2	62.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9MA44`	拟南芥	Signal peptide peptidase-like 5	40.580%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0DWA9`	水稻	Signal peptide peptidase-like 4	65.152%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5Z413`	水稻	Signal peptide peptidase-like 5	57.576%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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