LXL04_029204 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029204

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 83707973-83721843 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5928 bp · LXL04_029204|LXL04_029204|OH1004|cDNA

ATGTCATCCTTAAGTCGGGAACTAGTTTTCCTAATCCTGCAATTCCTGGATGAGGAAAAGTTCAAAGAAACTGTCCACAAGTTGGAACAAGAATCGGCTTTTTTCTTCAACATGAAATATTTTGAGGAACAAGTTCAAGCTGGTGAATGGGATGAGGTTGAAAAGTATCTATGTGGGTTCACTAAGGTTGAAGACAATCGTTACTCAATGAAGATATTCTTTGAAATAAGGAAACAGAAGAATGACAGAGCAAAAGCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

5928 bp · LXL04_029204|LXL04_029204|OH1004|CDS

ATGTCATCCTTAAGTCGGGAACTAGTTTTCCTAATCCTGCAATTCCTGGATGAGGAAAAGTTCAAAGAAACTGTCCACAAGTTGGAACAAGAATCGGCTTTTTTCTTCAACATGAAATATTTTGAGGAACAAGTTCAAGCTGGTGAATGGGATGAGGTTGAAAAGTATCTATGTGGGTTCACTAAGGTTGAAGACAATCGTTACTCAATGAAGATATTCTTTGAAATAAGGAAACAGAAGAATGACAGAGCAAAAGCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1975 aa · LXL04_029204|LXL04_029204|OH1004|PROTEIN

MSSLSRELVFLILQFLDEEKFKETVHKLEQESAFFFNMKYFEEQVQAGEWDEVEKYLCGFTKVEDNRYSMKIFFEIRKQKNDRAKAVEILVKDLKVFSTFNEELFKEITQLLTLDNFRQNEQLSKYGDTKSARSIMLVELKKLIEANPLFREKLTLPVFKASRLRTLINQSLNWQHQLCKNPRPNPDIKTLFIDHTCASNNGGRAPPPINSPLSGPVPKAGVFPPIGAHGPFQPVVSPSAGWMATANLSMPHAGVAAGPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029204`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029204

位置 Chr06:83707973-83721843 (+)

描述 Similar to TPR2: Protein TOPLESS-RELATED PROTEIN 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15750`	转录共抑制因子。	暂无已核实直接文献
`At1g80490`	转录共抑制因子。	Arabidopsis resistance protein SNC1 activates immune responses through association with a transcriptional corepressor.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1002828107
`At3g15880`	锌指转录因子GAF1/IDD2和ENY/IDD1的转录抑制因子，在调节赤霉素稳态和信号传导中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0162100`	转录核心抑制因子，参与分支形成调控，推测通过抑制主分支形成并促进次分支形成。	OsLIS-L1 encoding a lissencephaly type-1-like protein with WD40 repeats is required for plant height and male gametophyte formation in rice.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1532-7
`Os03g0254700`	可能是独脚金内酯信号通路的下游调控因子（基于相似性推测）。	MODD Mediates Deactivation and Degradation of OsbZIP46 to Negatively Regulate ABA Signaling and Drought Resistance in Rice.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00171

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029204 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15750

dosa:Os08g0162100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.585

排名 1 · LXL04_029204 · OH-1004

细胞核0.394

排名 2 · LXL04_029204 · OH-1004

细胞膜0.100

排名 3 · LXL04_029204 · OH-1004

线粒体0.055

排名 4 · LXL04_029204 · OH-1004

高尔基体0.051

排名 5 · LXL04_029204 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17814.8LisH_TPL5-33 aa

PF21889.2TPR1-like_2nd37-154 aa

PF21359.3zf_topless157-197 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz328-490 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3332-501 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd376-496 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st377-496 aa

PF24814.2WD40_Prp19389-472 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029204	`PF17814.8`	LisH_TPL	5	33	5.6e-13	49.0
LXL04_029204	`PF21889.2`	TPR1-like_2nd	37	154	9.5e-105	346.5
LXL04_029204	`PF21359.3`	zf_topless	157	197	3.7e-25	88.0
LXL04_029204	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	328	490	4.1e-35	122.2
LXL04_029204	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	332	501	4.5e-48	164.3
LXL04_029204	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	376	496	2e-29	103.6
LXL04_029204	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	377	496	2.4e-50	171.5
LXL04_029204	`PF24814.2`	WD40_Prp19	389	472	3.6e-48	164.7
LXL04_029204	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	399	495	1.8e-19	70.7
LXL04_029204	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	400	651	2.4e-47	162.3
LXL04_029204	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	400	495	1.4e-44	153.2
LXL04_029204	`PF24796.2`	WDR55	406	494	9.3e-33	114.3
LXL04_029204	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	414	506	3.4e-42	145.3
LXL04_029204	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	434	494	1.9e-26	93.7
LXL04_029204	`PF00400.39`	WD40	437	472	1.2e-34	117.9
LXL04_029204	`PF24796.2`	WDR55	490	651	9.3e-33	114.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AI7`	拟南芥	Protein TOPLESS	63.850%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WV90`	拟南芥	Topless-related protein 1	63.328%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q27GK7`	拟南芥	Topless-related protein 4	61.063%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0J7U6`	水稻	Protein TOPLESS-RELATED PROTEIN 2	72.671%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10NY2`	水稻	Protein TPR3	63.453%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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