LXL04_029060 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029060

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 79497145-79499855 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1794 bp · LXL04_029060|LXL04_029060|OH1004|cDNA

ATGAAGCTAAAAGATGATAAGCCCACGAGGCCATATGAGAAAAGCTCGAAGGTACCAATGGGGATAATGTTTGTTGTATTGTGCGGGTTTTCGTTCTATCTTGGTGGGATCTTTTGTTCTGACAAGAACACATTAGTCACTGAAGAAGTTGTGAAATCGGTTGAATCTCCCAAAAAGGCTATTTCTACTCCGGTTCAAGTGAAATCAGTATCGTTCCCTGAATGTAGTGCTGATTTACAAGATTACACGCCCTGCACTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1794 bp · LXL04_029060|LXL04_029060|OH1004|CDS

ATGAAGCTAAAAGATGATAAGCCCACGAGGCCATATGAGAAAAGCTCGAAGGTACCAATGGGGATAATGTTTGTTGTATTGTGCGGGTTTTCGTTCTATCTTGGTGGGATCTTTTGTTCTGACAAGAACACATTAGTCACTGAAGAAGTTGTGAAATCGGTTGAATCTCCCAAAAAGGCTATTTCTACTCCGGTTCAAGTGAAATCAGTATCGTTCCCTGAATGTAGTGCTGATTTACAAGATTACACGCCCTGCACTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

597 aa · LXL04_029060|LXL04_029060|OH1004|PROTEIN

MKLKDDKPTRPYEKSSKVPMGIMFVVLCGFSFYLGGIFCSDKNTLVTEEVVKSVESPKKAISTPVQVKSVSFPECSADLQDYTPCTDPKRWMKYGRHRLTFMERHCPPAFDRKECLVPPPNGYKEPIRWPKSKNECWYRNVPYDWINKQKSNQHWLRKEGEKFYFPGGGTMFPNGVSAYVDLMQNLIPGMKDGTVRTAIDTGCGVASWGGDLLDRGILTISLAPRDNHEAQVQFALERGIPAILGIISTQRLPFPSNSFD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029060`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029060

位置 Chr06:79497145-79499855 (-)

描述 Similar to At1g31850: Probable methyltransferase PMT20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31850`	可能的甲基转移酶 PMT20。	暂无已核实直接文献
`At4g19120`	可能的甲基转移酶 PMT21。	暂无已核实直接文献
`At2g45750`	可能的甲基转移酶 PMT16。	暂无已核实直接文献
`At4g10440`	可能的甲基转移酶 PMT17。	暂无已核实直接文献
`At4g00750`	可能的甲基转移酶 PMT15。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029060 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31850

ath:AT2G45750

ath:AT4G00750

ath:AT4G10440

ath:AT4G19120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.764

排名 1 · LXL04_029060 · OH-1004

内质网0.077

排名 2 · LXL04_029060 · OH-1004

细胞膜0.071

排名 3 · LXL04_029060 · OH-1004

细胞外0.070

排名 4 · LXL04_029060 · OH-1004

细胞质0.037

排名 5 · LXL04_029060 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141.23Methyltransf_2981-588 aa

PF13649.13Methyltransf_25199-290 aa

PF08241.19Methyltransf_11200-293 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029060	`PF03141.23`	Methyltransf_29	81	588	2e-215	716.9
LXL04_029060	`PF13649.13`	Methyltransf_25	199	290	8.2e-06	27.1
LXL04_029060	`PF08241.19`	Methyltransf_11	200	293	3.8e-08	34.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6S7`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT20	75.377%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94II3`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT21	76.756%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80844`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT16	48.237%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZX8`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT17	46.904%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZPH9`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT15	46.382%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情