LXL04_029049 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029049

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 79121897-79126187 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3507 bp · LXL04_029049|LXL04_029049|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTTCTTCAACTTCGTCTATTCACAAGACCTTTAAATATGATGTGTTTTTAAGTTTTAAAGGTGAAGACACTCGTACAAACTTCATTGATCATCTTTATTCTGCTCTAGACCATAAAAGCATTTATACTTTCAAGGACGACGAGAGAATCAAGAAGGGAAGAAGGATCAGTGATGAGTTGATCGGATCTATTGAAGACTCAAAATTTTACATCATTGTTTTCTCCAAGAACTATGCATATTCGTCTTGGTGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3507 bp · LXL04_029049|LXL04_029049|OH1004|CDS

ATGGCGTCTTCTTCAACTTCGTCTATTCACAAGACCTTTAAATATGATGTGTTTTTAAGTTTTAAAGGTGAAGACACTCGTACAAACTTCATTGATCATCTTTATTCTGCTCTAGACCATAAAAGCATTTATACTTTCAAGGACGACGAGAGAATCAAGAAGGGAAGAAGGATCAGTGATGAGTTGATCGGATCTATTGAAGACTCAAAATTTTACATCATTGTTTTCTCCAAGAACTATGCATATTCGTCTTGGTGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1168 aa · LXL04_029049|LXL04_029049|OH1004|PROTEIN

MASSSTSSIHKTFKYDVFLSFKGEDTRTNFIDHLYSALDHKSIYTFKDDERIKKGRRISDELIGSIEDSKFYIIVFSKNYAYSSWCLDELVKIMECHKTTQQRAYPVFYDVEPSEVRKQSGAVEKAFPEHENEEDAAKWRNALKEASDLTGWELRKTVDGHEAKFIQKIVEEISLELRSINFSFNEKLVGLETRVNDVLSFLETSIDDVRMIGITGMGGGGKTTLARAVFDHISFQFEGKSFVENVREVSNNSLSGLKSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029049`
TK1151 ID	TkA07G266330
OH-1004 ID	LXL04_029049
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 62.500 / OH-1004 62.500 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029049

位置 Chr06:79121897-79126187 (-)

描述 Similar to RPV1: Disease resistance protein RPV1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12010`	参与植物防御的 TIR-NB-LRR 受体样蛋白。	Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029049 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0061809 NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.378

排名 1 · LXL04_029049 · OH-1004

细胞膜0.298

排名 2 · LXL04_029049 · OH-1004

细胞核0.210

排名 3 · LXL04_029049 · OH-1004

内质网0.113

排名 4 · LXL04_029049 · OH-1004

细胞外0.066

排名 5 · LXL04_029049 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR14-180 aa

PF13676.12TIR_217-113 aa

PF00931.29NB-ARC192-364 aa

PF23282.2WHD_ROQ1433-499 aa

PF23598.2LRR_14686-773 aa

PF13855.13LRR_8693-751 aa

PF13855.13LRR_8765-822 aa

PF23598.2LRR_14781-838 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029049	`PF01582.26`	TIR	14	180	1.7e-48	165.5
LXL04_029049	`PF13676.12`	TIR_2	17	113	5.9e-13	50.1
LXL04_029049	`PF00931.29`	NB-ARC	192	364	4e-19	69.5
LXL04_029049	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	433	499	5.1e-14	52.9
LXL04_029049	`PF23598.2`	LRR_14	686	773	1.6e-65	221.9
LXL04_029049	`PF13855.13`	LRR_8	693	751	6.2e-29	100.3
LXL04_029049	`PF13855.13`	LRR_8	765	822	6.2e-29	100.3
LXL04_029049	`PF23598.2`	LRR_14	781	838	1.6e-65	221.9
LXL04_029049	`PF23598.2`	LRR_14	828	889	1.6e-65	221.9
LXL04_029049	`PF23598.2`	LRR_14	878	934	1.6e-65	221.9
LXL04_029049	`PF23598.2`	LRR_14	941	1005	1.6e-65	221.9
LXL04_029049	`PF23598.2`	LRR_14	1003	1075	1.6e-65	221.9
LXL04_029049	`PF13855.13`	LRR_8	1022	1079	6.2e-29	100.3
LXL04_029049	`PF23598.2`	LRR_14	1064	1122	1.6e-65	221.9
LXL04_029049	`PF23598.2`	LRR_14	1111	1164	1.6e-65	221.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ66`	拟南芥	Disease resistance-like protein DSC1	34.317%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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