LXL04_029026 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029026

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 78049512-78061144 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2568 bp · LXL04_029026|LXL04_029026|OH1004|cDNA

ATGTCTGTGATAAAACAGTTTGAACACCTCAAAATACAACTTGAAGATATAAAATCAGCAACCAACAACTTTGCCGAAGATCATCTCATCGGGGGAGGAGTGTTTGGGAAAGTGTACAAGGGGGAACTCCTTCATTGGAAAGGGAAAACCACAGTTGCTTTCAAACGTTTACATGGTGAATACGGGCAAGCATCAGATTCTGACATGTGGAAAGAGATAATTATGCTTTCTTTTTTCAACCATGAAAACATTGTCTCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2568 bp · LXL04_029026|LXL04_029026|OH1004|CDS

ATGTCTGTGATAAAACAGTTTGAACACCTCAAAATACAACTTGAAGATATAAAATCAGCAACCAACAACTTTGCCGAAGATCATCTCATCGGGGGAGGAGTGTTTGGGAAAGTGTACAAGGGGGAACTCCTTCATTGGAAAGGGAAAACCACAGTTGCTTTCAAACGTTTACATGGTGAATACGGGCAAGCATCAGATTCTGACATGTGGAAAGAGATAATTATGCTTTCTTTTTTCAACCATGAAAACATTGTCTCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

855 aa · LXL04_029026|LXL04_029026|OH1004|PROTEIN

MSVIKQFEHLKIQLEDIKSATNNFAEDHLIGGGVFGKVYKGELLHWKGKTTVAFKRLHGEYGQASDSDMWKEIIMLSFFNHENIVSLLGFNNDSGEKFLVHEYASKGGLHLYLNNNDLTWVQRLKICIGAAHGLAYLHNPNQMQRVLPHDIKSCNILLDENWNAKIADLGLSKFGGADQNYLYLNSHMEGTLGYRDSRSVDVGILKESEIYSFGVVLFEVLCGRLCLDMDVNQNLISLVRKFYKGKNLEEIIHGSIKDEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029026`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029026

位置 Chr06:78049512-78061144 (-)

描述 Similar to FH14: Formin-like protein 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31810`	类Formin蛋白14。	暂无已核实直接文献
`At2g25050`	类formin蛋白18。	暂无已核实直接文献
`At3g32400`	类 Formin 蛋白 17。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0119300`	类formin蛋白3。	暂无已核实直接文献
`Os02g0794900`	类Formin蛋白7。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029026 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0009574 preprophase band 细胞组分

GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分

GO:0003779 actin binding 分子功能

GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity 分子功能

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31810

ath:AT2G25050

ath:AT3G32400

dosa:Os02g0794900

dosa:Os10g0119300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.496

排名 1 · LXL04_029026 · OH-1004

细胞膜0.408

排名 2 · LXL04_029026 · OH-1004

细胞核0.214

排名 3 · LXL04_029026 · OH-1004

内质网0.048

排名 4 · LXL04_029026 · OH-1004

高尔基体0.047

排名 5 · LXL04_029026 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase26-288 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr28-292 aa

PF00069.32Pkinase321-589 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr323-591 aa

PF02181.29FH2616-855 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029026	`PF00069.32`	Pkinase	26	288	9.8e-73	245.5
LXL04_029026	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	28	292	4.1e-75	253.1
LXL04_029026	`PF00069.32`	Pkinase	321	589	9.8e-73	245.5
LXL04_029026	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	323	591	4.1e-75	253.1
LXL04_029026	`PF02181.29`	FH2	616	855	1.9e-67	228.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6S1`	拟南芥	Formin-like protein 14	55.510%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SK28`	拟南芥	Formin-like protein 18	49.593%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LH02`	拟南芥	Formin-like protein 17	49.187%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7G6K7`	水稻	Formin-like protein 3	53.150%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K8Z4`	水稻	Formin-like protein 7	48.473%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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