LXL04_028978 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028978

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 76743185-76744550 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

674 bp · LXL04_028978|LXL04_028978|OH1004|cDNA

ATTATCGGCGATGGTGCGGTTGGAAAAACATGTCTCCTAATTTCCTACACCAGCAATTCCTTCCCTACGATTCCAAGATCATCATGATCCTTAACCTCGATCTGAATACAAGCTTCTTGACTTTATATCTGTTTTGCTTTGTCTGTTGGGAACAGGATTATGTGCCAACTGTATTTGATAATTTCAGTGCCAATGTGGTTGTAAATGGTGCGATTGTGAATCTAGGATTGTGGGACACTGCTGGTAACCTTCTGAAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

645 bp · LXL04_028978|LXL04_028978|OH1004|CDS

ATGTCTCCTAATTTCCTACACCAGCAATTCCTTCCCTACGATTCCAAGATCATCATGATCCTTAACCTCGATCTGAATACAAGCTTCTTGACTTTATATCTGTTTTGCTTTGTCTGTTGGGAACAGGATTATGTGCCAACTGTATTTGATAATTTCAGTGCCAATGTGGTTGTAAATGGTGCGATTGTGAATCTAGGATTGTGGGACACTGCTGGTAACCTTCTGAAACATTATCAATTAGAGGATTACAATAGATTAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

214 aa · LXL04_028978|LXL04_028978|OH1004|PROTEIN

MSPNFLHQQFLPYDSKIIMILNLDLNTSFLTLYLFCFVCWEQDYVPTVFDNFSANVVVNGAIVNLGLWDTAGNLLKHYQLEDYNRLRPLSYRGADVFILAFSLISKASYENVSRKWIPELKHYPLESQSSLLGPKLVNLRDDKQFFADHPNAVPITTAQGEELKKTIGAPAYIECSAKTQENVKAVFDSAVKVVLAPPSSKKKKGNAQKGCSIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028978`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028978

位置 Chr06:76743185-76744550 (-)

描述 Similar to RHO1: Rac-like GTP-binding protein RHO1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17800`	非活性 GDP 结合 Rho GTP 酶驻留在细胞质中，存在于与 Rho GDP 解离抑制剂 (Rho GDI) 的复合物中，并从 GDI 蛋白中释放出来，以便在激活后易位到膜上。	暂无已核实直接文献
`At3g51300`	可能参与花粉管依赖肌动蛋白的顶端生长过程中的细胞极性控制。	暂无已核实直接文献
`At4g35020`	非活性 GDP 结合 Rho GTP 酶驻留在细胞质中，存在于与 Rho GDP 解离抑制剂的复合物中，并从 GDI 蛋白中释放出来，以便在激活后易位到膜上。	Arabidopsis thaliana Rop GTPases are localized to tips of root hairs and control polar growth.2001 · DOI: 10.1093/emboj/20.11.2779 A ROP GTPase-dependent auxin signaling pathway regulates the subcellular distribution of PIN2 in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.05.019

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028978 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007264 small GTPase-mediated signal transduction 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0017157 regulation of exocytosis 生物过程

GO:0030833 regulation of actin filament polymerization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17800

ath:AT3G51300

ath:AT4G35020

bvg:104895157

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.376

排名 1 · LXL04_028978 · OH-1004

内质网0.214

排名 2 · LXL04_028978 · OH-1004

细胞膜0.185

排名 3 · LXL04_028978 · OH-1004

高尔基体0.180

排名 4 · LXL04_028978 · OH-1004

细胞核0.161

排名 5 · LXL04_028978 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00071.29Ras39-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028978	`PF00071.29`	Ras	39	194	5.8e-26	91.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38902`	拟南芥	Rac-like GTP-binding protein ARAC1	79.651%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P92978`	拟南芥	Rac-like GTP-binding protein ARAC11	78.488%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38912`	拟南芥	Rac-like GTP-binding protein ARAC3	75.145%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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