LXL04_028937 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028937

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 75070592-75074471 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1203 bp · LXL04_028937|LXL04_028937|OH1004|cDNA

ATGCAGCGATTCAGATCCTTATTAGTACTTAGGCGTCCGTTGCAGAGACAGTCTCACAATTCCTACACCACCATTTCTGCTCAACGTGACACCTCCCCTCAACACCACCATTTTCATGAAGAGGTTTTGGTGGAAGGAAGAGCTTTCTCGAGGGCTGCCATACTCAATAGACCATCTCAACTCAATGCTATTACTACCTCTATGGCTGGTCGATTACAAAGGCTTTACCAGTCATGGGAGGATAATTCTCAAATTGGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1203 bp · LXL04_028937|LXL04_028937|OH1004|CDS

ATGCAGCGATTCAGATCCTTATTAGTACTTAGGCGTCCGTTGCAGAGACAGTCTCACAATTCCTACACCACCATTTCTGCTCAACGTGACACCTCCCCTCAACACCACCATTTTCATGAAGAGGTTTTGGTGGAAGGAAGAGCTTTCTCGAGGGCTGCCATACTCAATAGACCATCTCAACTCAATGCTATTACTACCTCTATGGCTGGTCGATTACAAAGGCTTTACCAGTCATGGGAGGATAATTCTCAAATTGGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

400 aa · LXL04_028937|LXL04_028937|OH1004|PROTEIN

MQRFRSLLVLRRPLQRQSHNSYTTISAQRDTSPQHHHFHEEVLVEGRAFSRAAILNRPSQLNAITTSMAGRLQRLYQSWEDNSQIGFVMMKGSGRAFCSGADMVTIHRLLQEGNVAECKEFFRTLYQFIYLLGTYLKPNLAILDGITMGGGAGVAVPGMFRIATDKTVFATPEVQMGFHPDAGASFYLSRLPGYLGEFLALTGEKLNGAELVACGIATHYSLSGKLGWIEERLGQLMTDDPSVISDSLAQYGDLVYVDKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028937`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028937

位置 Chr06:75070592-75074471 (+)

描述 Similar to At4g31810: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase-like protein 2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31810`	小核糖体亚基蛋白 mS47。	暂无已核实直接文献
`At3g60510`	3-羟基异丁酰辅酶A水解酶样蛋白1，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g65940`	参与缬氨酸分解代谢。	Arabidopsis Chy1 null mutants are deficient in benzoic acid-containing glucosinolates in the seeds.2009 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2008.00160.x
`At2g30660`	参与缬氨酸分解代谢。	暂无已核实直接文献
`At2g30650`	参与缬氨酸分解代谢。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028937 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006574 L-valine catabolic process 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003860 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30650

ath:AT2G30660

ath:AT3G60510

ath:AT4G31810

ath:AT5G65940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.888

排名 1 · LXL04_028937 · OH-1004

细胞质0.087

排名 2 · LXL04_028937 · OH-1004

细胞核0.052

排名 3 · LXL04_028937 · OH-1004

质体0.031

排名 4 · LXL04_028937 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 5 · LXL04_028937 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16113.11ECH_251-379 aa

PF00378.26ECH_155-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028937	`PF16113.11`	ECH_2	51	379	3.7e-114	382.4
LXL04_028937	`PF00378.26`	ECH_1	55	217	2.3e-21	77.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXN4`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS47	63.081%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5XF59`	拟南芥	3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase-like protein 1, mitochondrial	58.564%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LKJ1`	拟南芥	3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase 1	44.290%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NMB0`	拟南芥	Probable 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase 3	44.220%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PEY5`	拟南芥	Probable 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase 2	43.360%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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