LXL04_028102 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028102

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 31376464-31379625 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1881 bp · LXL04_028102|LXL04_028102|OH1004|cDNA

ATGTCATCGGAGATCGAGGTCGAAGAAGATACAGATCATGCTGGCAACGGAGCGGTGCCAGGAGGAGGGGGAGTGCCAGAGGAGAGTTTGAAGAATGACATTTATACTGCGGCAGCGTATGGTGATTTGGAGAAGCTTCGAAATTTGGTGGAGACAGAAGGTTACTCCATTAACAAGCCTGATGATCTCGGTTATCGCGCTTTGCAGTGGGCCGCCCTTAACAATCGTGTCGCCGCTGCTCAATACATCATCGAGATTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1881 bp · LXL04_028102|LXL04_028102|OH1004|CDS

ATGTCATCGGAGATCGAGGTCGAAGAAGATACAGATCATGCTGGCAACGGAGCGGTGCCAGGAGGAGGGGGAGTGCCAGAGGAGAGTTTGAAGAATGACATTTATACTGCGGCAGCGTATGGTGATTTGGAGAAGCTTCGAAATTTGGTGGAGACAGAAGGTTACTCCATTAACAAGCCTGATGATCTCGGTTATCGCGCTTTGCAGTGGGCCGCCCTTAACAATCGTGTCGCCGCTGCTCAATACATCATCGAGATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

626 aa · LXL04_028102|LXL04_028102|OH1004|PROTEIN

MSSEIEVEEDTDHAGNGAVPGGGGVPEESLKNDIYTAAAYGDLEKLRNLVETEGYSINKPDDLGYRALQWAALNNRVAAAQYIIEIGADVNAVDATGQTALHWSAVRGSSQAADLLLEEGARVNAADGYGYQATHVAAQYGHTAYIYHIVTKWNADPDIPDNEGRGPLHWAAYKGFADTIRLLLFLDAYRSRPDKEGCTPLHWAAIKGNLEACTVLVQAGKKDDLMVTDKTGLTPAQLASDKSHRQVAFFLGNNRKLLEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028102`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028102

位置 Chr06:31376464-31379625 (+)

描述 Similar to PAT24: Protein S-acyltransferase 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20350`	棕榈酰转移酶参与细胞生长调节。	Tip growth defective1 interacts with cellulose synthase A3 to regulate cellulose biosynthesis in Arabidopsis.2022 · DOI: 10.1007/s11103-022-01283-8
`At2g14255`	棕榈酰酰基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028102 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009932 cell tip growth 生物过程

GO:0018230 peptidyl-L-cysteine S-palmitoylation 生物过程

GO:0018345 protein palmitoylation 生物过程

GO:0042953 lipoprotein transport 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0051386 regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway 生物过程

GO:0070372 regulation of ERK1 and ERK2 cascade 生物过程

GO:2000652 regulation of secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:2001006 regulation of cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G14255

ath:AT5G20350

dre:100148543

hsa:23390

rno:366889

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.315

排名 1 · LXL04_028102 · OH-1004

高尔基体0.286

排名 2 · LXL04_028102 · OH-1004

内质网0.264

排名 3 · LXL04_028102 · OH-1004

细胞质0.238

排名 4 · LXL04_028102 · OH-1004

溶酶体／液泡0.139

排名 5 · LXL04_028102 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13637.13Ank_435-84 aa

PF12796.14Ank_236-127 aa

PF13637.13Ank_475-117 aa

PF00023.37Ank97-127 aa

PF12796.14Ank_2129-185 aa

PF12796.14Ank_2194-252 aa

PF00023.37Ank197-226 aa

PF01529.26DHHC368-495 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028102	`PF13637.13`	Ank_4	35	84	3.7e-28	97.7
LXL04_028102	`PF12796.14`	Ank_2	36	127	1.4e-33	116.0
LXL04_028102	`PF13637.13`	Ank_4	75	117	3.7e-28	97.7
LXL04_028102	`PF00023.37`	Ank	97	127	4.1e-28	96.6
LXL04_028102	`PF12796.14`	Ank_2	129	185	1.4e-33	116.0
LXL04_028102	`PF12796.14`	Ank_2	194	252	1.4e-33	116.0
LXL04_028102	`PF00023.37`	Ank	197	226	4.1e-28	96.6
LXL04_028102	`PF01529.26`	DHHC	368	495	3.6e-30	105.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q52T38`	拟南芥	Protein S-acyltransferase 24	66.032%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3EC11`	拟南芥	Probable protein S-acyltransferase 23	47.778%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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