LXL04_028094 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028094

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 31106690-31109729 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2115 bp · LXL04_028094|LXL04_028094|OH1004|cDNA

ATGAAATTGCCCTTTGCTTCACAGCAAAACAATCTCTCTTCTCCTGACGTAAAGAACCAAATCATCAgtagtggtggtggtggtggtggaactGGTCAATACGAGCCCAAATCGGTTCTTGATATTTGCCGGAGTTTGCCTGGTAAGTCGTCGGAGTTTGATTCCGTTGATCATAATAGCATTGGGTTATCATCATCTGAGGATCCGTTGCGGTTGGATAACTACGAACATGGAATCGTGAATCAGTTTGAAGAATGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2115 bp · LXL04_028094|LXL04_028094|OH1004|CDS

ATGAAATTGCCCTTTGCTTCACAGCAAAACAATCTCTCTTCTCCTGACGTAAAGAACCAAATCATCAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAACTGGTCAATACGAGCCCAAATCGGTTCTTGATATTTGCCGGAGTTTGCCTGGTAAGTCGTCGGAGTTTGATTCCGTTGATCATAATAGCATTGGGTTATCATCATCTGAGGATCCGTTGCGGTTGGATAACTACGAACATGGAATCGTGAATCAGTTTGAAGAATGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

704 aa · LXL04_028094|LXL04_028094|OH1004|PROTEIN

MKLPFASQQNNLSSPDVKNQIISSGGGGGGTGQYEPKSVLDICRSLPGKSSEFDSVDHNSIGLSSSEDPLRLDNYEHGIVNQFEEWDSLMKELGLNDDSAKSAYLPELPDLPPIQSEVTAPTMSLFLNPDFENPNTNPNANQLEFTSQYNTDNRTGFDFIDDIIRIAECFEAREKTAVLLTPTIFQRIGTGFISDLRRISPQVIVHVDGEGLTGGGTSSFRQAVIEGLELYSTISESLEAANVGIGVGGGDWLRKIEIYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028094`
TK1151 ID	TkA07G121000
OH-1004 ID	LXL04_028094
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.641 / OH-1004 52.983 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028094

位置 Chr06:31106690-31109729 (-)

描述 Similar to Polygalacturonase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43860`	可能的多聚半乳糖醛酸酶 At2g43860。	暂无已核实直接文献
`At2g41850`	多聚半乳糖醛酸酶参与荚果破碎最后阶段的细胞分离、花药开裂和花器官脱落。	Expression of polygalacturonases and evidence to support their role during cell separation processes in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1093/jxb/erm222 ARABIDOPSIS DEHISCENCE ZONE POLYGALACTURONASE1 (ADPG1), ADPG2, and QUARTET2 are Polygalacturonases required for cell separation during reproductive development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063768

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028094 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009830 cell wall modification involved in abscission 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41850

ath:AT2G43860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.339

排名 1 · LXL04_028094 · OH-1004

细胞质0.202

排名 2 · LXL04_028094 · OH-1004

细胞核0.131

排名 3 · LXL04_028094 · OH-1004

内质网0.119

排名 4 · LXL04_028094 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 5 · LXL04_028094 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03514.21GRAS174-318 aa

PF12708.13Pect-lyase_RHGA_epim337-589 aa

PF00295.24Glyco_hydro_28363-691 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028094	`PF03514.21`	GRAS	174	318	3.3e-18	66.5
LXL04_028094	`PF12708.13`	Pect-lyase_RHGA_epim	337	589	1e-08	36.0
LXL04_028094	`PF00295.24`	Glyco_hydro_28	363	691	1.2e-82	278.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22818`	拟南芥	Probable polygalacturonase At2g43860	54.178%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RY29`	拟南芥	Polygalacturonase ADPG2	40.674%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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