LXL04_028046 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028046

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 29665332-29667138 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1497 bp · LXL04_028046|LXL04_028046|OH1004|cDNA

ATGGCTGACGTTGACCAATTAAACCAGGGTTTTGTAGACATGAACCTGAACTCCAACCAAGACAACAGCTGGGACCTCTTTTTAGGAACCAAAAAGCCAGATCGAGGTGGCTGGCGCTCATGGGTTCAACCCAACACCATAAAAACTAACGAACCAACCACCGACATAGGAGAAATCTACAATCAAAACTCCGGAAATGACACTGATGCATCTGAAGACGACCTTCTAAGTGATGATTACGATTCAGACGACAGTCAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1497 bp · LXL04_028046|LXL04_028046|OH1004|CDS

ATGGCTGACGTTGACCAATTAAACCAGGGTTTTGTAGACATGAACCTGAACTCCAACCAAGACAACAGCTGGGACCTCTTTTTAGGAACCAAAAAGCCAGATCGAGGTGGCTGGCGCTCATGGGTTCAACCCAACACCATAAAAACTAACGAACCAACCACCGACATAGGAGAAATCTACAATCAAAACTCCGGAAATGACACTGATGCATCTGAAGACGACCTTCTAAGTGATGATTACGATTCAGACGACAGTCAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

498 aa · LXL04_028046|LXL04_028046|OH1004|PROTEIN

MADVDQLNQGFVDMNLNSNQDNSWDLFLGTKKPDRGGWRSWVQPNTIKTNEPTTDIGEIYNQNSGNDTDASEDDLLSDDYDSDDSQKSHNSRKKNPWFSKLFKTLDTLTTQQIHEPARQWHCPACQNGPCSIKWYRGMQSFLTHIKTKGTRRPKLHRHLSELLDEELSRKGDVLVQNYESYGKWKGLDKAIQDHQVVWPPMVVVMNTQLEKDENEKWIGMGTQELLEYFSSYEAVRGRSSFGPEGHRGMSILIFDTSAVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028046`
TK1151 ID	TkA07G115640
OH-1004 ID	LXL04_028046
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028046

位置 Chr06:29665332-29667138 (+)

描述 Similar to SGS3: Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23570`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	Geminivirus VIGS of endogenous genes requires SGS2/SDE1 and SGS3 and defines a new branch in the genetic pathway for silencing in plants.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02103.x SGS3 and SGS2/SDE1/RDR6 are required for juvenile development and the production of trans-acting siRNAs in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1101/gad.1231804 An H3K27me3 demethylase-HSFA2 regulatory loop orchestrates transgenerational thermomemory in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41422-019-0145-8

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0197500`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2ZIW7`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028046 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010050 vegetative phase change 生物过程

GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0035278 miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G23570

dosa:Os12g0197500

sly:100134882

zma:100037819

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.565

排名 1 · LXL04_028046 · OH-1004

细胞质0.436

排名 2 · LXL04_028046 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 3 · LXL04_028046 · OH-1004

内质网0.044

排名 4 · LXL04_028046 · OH-1004

线粒体0.038

排名 5 · LXL04_028046 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03468.21XS193-307 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028046	`PF03468.21`	XS	193	307	1.7e-30	106.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDX1`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3	48.605%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2QWE9`	水稻	Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog	45.540%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2ZIW7`	水稻	Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog	45.540%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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