LXL04_027982 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027982

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 28167050-28169203 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1131 bp · LXL04_027982|LXL04_027982|OH1004|cDNA

ATGCGGAGCATGACGACTCTCTGTTCATCGACAGAGAGCGTGTCGACGATGAGGAGGACGACGTCCTTTTCGATTCAATCAACTTCTTCTAAATCCTTGAAACACTTTCGATGTTTTTTCGGTTCCAATGTTCCGTCTGGTCATACTTCTCAACGTCGCCTTTTCTCCAGGCAGTTGAGGCAATTTCAGCTCTCGCGATCCGGTACGAATGTTAATTGTGTGGATGCAACAAAACCGACTCACAATGTGGAGGATTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · LXL04_027982|LXL04_027982|OH1004|CDS

ATGCGGAGCATGACGACTCTCTGTTCATCGACAGAGAGCGTGTCGACGATGAGGAGGACGACGTCCTTTTCGATTCAATCAACTTCTTCTAAATCCTTGAAACACTTTCGATGTTTTTTCGGTTCCAATGTTCCGTCTGGTCATACTTCTCAACGTCGCCTTTTCTCCAGGCAGTTGAGGCAATTTCAGCTCTCGCGATCCGGTACGAATGTTAATTGTGTGGATGCAACAAAACCGACTCACAATGTGGAGGATTTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · LXL04_027982|LXL04_027982|OH1004|PROTEIN

MRSMTTLCSSTESVSTMRRTTSFSIQSTSSKSLKHFRCFFGSNVPSGHTSQRRLFSRQLRQFQLSRSGTNVNCVDATKPTHNVEDLECSTSYKSYSRYKLTPKTSIPFKDLSSETSWNSYLKLMLFFGIFTLQDSQIALAGTDVGNLIQASSFFGDLSDLSTGFASAFLLIFFSELGDKTFFIAALLAARNSAAVVFLGTFGALGVMTIISVVLGRTFHYVDEILPFRFGDVDLPLDDIAAALLLVYFGVSTLLDASSGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027982`
TK1151 ID	TkA07G110850
OH-1004 ID	LXL04_027982
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027982

位置 Chr06:28167050-28169203 (+)

描述 Similar to PAM71: Protein PAM71, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64150`	Mn²⁺/H⁺交换器，将Mn²⁺从叶绿体基质运输到酸性类囊体腔。	The Evolutionarily Conserved Protein PHOTOSYNTHESIS AFFECTED MUTANT71 Is Required for Efficient Manganese Uptake at the Thylakoid Membrane in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00812 A Putative Chloroplast-Localized Ca(2+)/H(+) Antiporter CCHA1 Is Involved in Calcium and pH Homeostasis and Required for PSII Function in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.molp.2016.05.015
`At4g13590`	可能定位于叶绿体的Mn²⁺/H⁺和/或Ca²⁺/H⁺反向转运蛋白，调节Ca²⁺、Mn²⁺和pH稳态。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8AAM2`	GDT1样蛋白1，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`Os01g0221700`	GDT1样蛋白1，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`Os11g0544500`	GDT1样蛋白2，叶绿体类。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027982 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006816 calcium ion transport 生物过程

GO:0010270 photosystem II oxygen evolving complex assembly 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0032468 Golgi calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0032472 Golgi calcium ion transport 生物过程

GO:0070588 calcium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0071421 manganese ion transmembrane transport 生物过程

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64150

ath:AT4G13590

dosa:Os11g0544500

osa:9272318

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.988

排名 1 · LXL04_027982 · OH-1004

线粒体0.018

排名 2 · LXL04_027982 · OH-1004

细胞质0.016

排名 3 · LXL04_027982 · OH-1004

细胞核0.015

排名 4 · LXL04_027982 · OH-1004

过氧化物酶体0.013

排名 5 · LXL04_027982 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01169.26GDT1164-258 aa

PF01169.26GDT1292-373 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027982	`PF01169.26`	GDT1	164	258	6e-41	139.3
LXL04_027982	`PF01169.26`	GDT1	292	373	6e-41	139.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AX5`	拟南芥	Protein PAM71, chloroplastic	64.035%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T0H9`	拟南芥	Protein PAM71-homolog, chloroplastic	48.649%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8AAM2`	水稻	GDT1-like protein 1, chloroplastic	72.984%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5NAY7`	水稻	GDT1-like protein 1, chloroplastic	72.581%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2R2Z4`	水稻	GDT1-like protein 2, chloroplastic	45.778%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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