LXL04_027963 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027963

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 27799838-27812843 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4233 bp · LXL04_027963|LXL04_027963|OH1004|cDNA

ATGTCCACCACCGCTGAGATCCTCCAACAAACCACCACCTTCCTCTCAGAAACACTCTCACAACCAGACATCCGCCGCCGTATATTCTCCATCCTCCGCAACAATTCCTCTCCTTCCGTCCAACTCAACATCAAACAGCTAAACCTCGCCGCTGACACACTTGAAAACGCCATAACCACCAGCAACTCCTCCGTCAAAACCTCCTCCCTCCGACTCTCCGAAAAGCTTCTCCTCTCACTCCCACAAAACCCGTTTTCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

4233 bp · LXL04_027963|LXL04_027963|OH1004|CDS

ATGTCCACCACCGCTGAGATCCTCCAACAAACCACCACCTTCCTCTCAGAAACACTCTCACAACCAGACATCCGCCGCCGTATATTCTCCATCCTCCGCAACAATTCCTCTCCTTCCGTCCAACTCAACATCAAACAGCTAAACCTCGCCGCTGACACACTTGAAAACGCCATAACCACCAGCAACTCCTCCGTCAAAACCTCCTCCCTCCGACTCTCCGAAAAGCTTCTCCTCTCACTCCCACAAAACCCGTTTTCCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1410 aa · LXL04_027963|LXL04_027963|OH1004|PROTEIN

MSTTAEILQQTTTFLSETLSQPDIRRRIFSILRNNSSPSVQLNIKQLNLAADTLENAITTSNSSVKTSSLRLSEKLLLSLPQNPFSSFLLSLIYTLCQRPIDASLTLLNLFQTDPSIARSEIAPQVFEDLFLINFLPVLEWYNEQRSRILSSLSSNAGYESDDNSVVMDSVVSCTTLLSKMNGNQASELKELERDYEQVLDENCRVFVGYFEEILGYKDGNRVIVPPSVVLEALHKGDQHVYNQDEKSISTQFGSKNGRY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027963`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027963

位置 Chr06:27799838-27812843 (+)

描述 Similar to CERBERUS: Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71020`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At1g23030`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027963 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

mtr:11418360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.523

排名 1 · LXL04_027963 · OH-1004

细胞质0.396

排名 2 · LXL04_027963 · OH-1004

细胞膜0.115

排名 3 · LXL04_027963 · OH-1004

内质网0.062

排名 4 · LXL04_027963 · OH-1004

溶酶体／液泡0.045

排名 5 · LXL04_027963 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23568.2ARM_LIN13-220 aa

PF04564.22U-box372-440 aa

PF23654.2ARM_LIN_2nd472-630 aa

PF23628.3ARM_LIN_C637-998 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz1009-1096 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st1022-1126 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st1022-1115 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR51024-1097 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027963	`PF23568.2`	ARM_LIN	13	220	8.2e-19	68.5
LXL04_027963	`PF04564.22`	U-box	372	440	8.6e-15	55.4
LXL04_027963	`PF23654.2`	ARM_LIN_2nd	472	630	3.7e-62	209.5
LXL04_027963	`PF23628.3`	ARM_LIN_C	637	998	8.4e-145	483.1
LXL04_027963	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	1009	1096	6.7e-12	46.0
LXL04_027963	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	1022	1126	4.6e-13	50.0
LXL04_027963	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	1022	1115	1.1e-12	48.5
LXL04_027963	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	1024	1097	3.1e-09	37.2
LXL04_027963	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	1025	1096	1.1e-11	45.2
LXL04_027963	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	1026	1113	6.3e-09	36.4
LXL04_027963	`PF24814.2`	WD40_Prp19	1027	1115	5.9e-11	42.7
LXL04_027963	`PF24796.2`	WDR55	1028	1115	3.6e-08	33.5
LXL04_027963	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	1032	1107	1.6e-12	47.7
LXL04_027963	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	1032	1144	7.5e-12	45.9
LXL04_027963	`PF00400.39`	WD40	1056	1091	2.1e-13	50.9
LXL04_027963	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	1321	1408	1.1e-12	48.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9A6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 10	46.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GUG9`	拟南芥	U-box domain-containing protein 11	52.174%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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