LXL04_027861 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027861

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 24926087-24930319 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3615 bp · LXL04_027861|LXL04_027861|OH1004|cDNA

ATGGTTTCTGAAACGAAGGAGCCGAGTTTGAAAAAACTCGAATATCTTTCGCTGGTATCGAAGGTATGTACGGAGCTTGAATCTCACTTAGGGTTTGGGGATAAAGTTTTGGCTGAATTTATCACTGAGATAGGCCGCAAGTGCCAGACTGTGGATGAGTTCGATAGTAAGTTGAAGGAAAACGGGGCTGAGATGCCCGATTACTTTGTTCACACCTTATTGAAGATCATCCACGCGATTTTGCCTCCAAAGGTGAAGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3615 bp · LXL04_027861|LXL04_027861|OH1004|CDS

ATGGTTTCTGAAACGAAGGAGCCGAGTTTGAAAAAACTCGAATATCTTTCGCTGGTATCGAAGGTATGTACGGAGCTTGAATCTCACTTAGGGTTTGGGGATAAAGTTTTGGCTGAATTTATCACTGAGATAGGCCGCAAGTGCCAGACTGTGGATGAGTTCGATAGTAAGTTGAAGGAAAACGGGGCTGAGATGCCCGATTACTTTGTTCACACCTTATTGAAGATCATCCACGCGATTTTGCCTCCAAAGGTGAAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1204 aa · LXL04_027861|LXL04_027861|OH1004|PROTEIN

MVSETKEPSLKKLEYLSLVSKVCTELESHLGFGDKVLAEFITEIGRKCQTVDEFDSKLKENGAEMPDYFVHTLLKIIHAILPPKVKSKSASKKDDNGPKSSFPALNIGDTKDRVKELEREIEMEARERKQQDCGEFEDGRRDHRDRDMDRGRGRDRDRRDRHRDERYDRRRRGEEDDRGSHRGNRDKYKEDDRGKERDSGEEDRRERKSYGRQSDEPELYQVYKGRVSRVMDSGCFVQLLDIKGKEGLVHVSQMATRRIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027861`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027861

位置 Chr06:24926087-24930319 (+)

描述 Similar to At3g26560: Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26560`	可能参与前mRNA剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027861 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010172 embryonic body morphogenesis 生物过程

GO:0048589 developmental growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G26560

cel:CELE_EEED8.5

ddi:DDB_G0291183

hsa:1659

mmu:217207

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.666

排名 1 · LXL04_027861 · OH-1004

细胞质0.359

排名 2 · LXL04_027861 · OH-1004

线粒体0.051

排名 3 · LXL04_027861 · OH-1004

细胞膜0.049

排名 4 · LXL04_027861 · OH-1004

内质网0.040

排名 5 · LXL04_027861 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00575.30S1218-288 aa

PF00270.36DEAD530-679 aa

PF13401.13AAA_22538-662 aa

PF00271.38Helicase_C722-853 aa

PF04408.30WHD_HA2915-943 aa

PF21010.3HA2_C944-1003 aa

PF07717.23OB_NTP_bind1061-1137 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027861	`PF00575.30`	S1	218	288	2.9e-11	44.3
LXL04_027861	`PF00270.36`	DEAD	530	679	4.3e-08	33.8
LXL04_027861	`PF13401.13`	AAA_22	538	662	9.9e-07	29.9
LXL04_027861	`PF00271.38`	Helicase_C	722	853	1.1e-11	45.6
LXL04_027861	`PF04408.30`	WHD_HA2	915	943	3.3e-11	43.7
LXL04_027861	`PF21010.3`	HA2_C	944	1003	1.9e-13	51.4
LXL04_027861	`PF07717.23`	OB_NTP_bind	1061	1137	1.4e-26	93.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38953`	拟南芥	Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH5	88.473%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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