基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_027786
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 23983856-23987480
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2709 bp · LXL04_027786|LXL04_027786|OH1004|cDNA
ATGAAAGCTCCTCCAAACGTGTATCAAGGAGAAGGTGGAAGAAAAGTAATGAACTCGGAGTTATGGCACGCTTGTGCTGGGCCAATGGTATCGTTGCCACCTGTTGGAAGTCTAGTGGTGTACTTTCCTCAAGGTCACAGCGAGcaaGTGGCAGCTTCAATGCAAAAAGACACAGAAAACATACCAAACTATCCAAATCTTCCTTCTAAACTCATTTGCATGATTCATAGTGTAACATTACATGCTGATGCAGAAACTGA...
CDS
下载 CDS FASTA2709 bp · LXL04_027786|LXL04_027786|OH1004|CDS
ATGAAAGCTCCTCCAAACGTGTATCAAGGAGAAGGTGGAAGAAAAGTAATGAACTCGGAGTTATGGCACGCTTGTGCTGGGCCAATGGTATCGTTGCCACCTGTTGGAAGTCTAGTGGTGTACTTTCCTCAAGGTCACAGCGAGCAAGTGGCAGCTTCAATGCAAAAAGACACAGAAAACATACCAAACTATCCAAATCTTCCTTCTAAACTCATTTGCATGATTCATAGTGTAACATTACATGCTGATGCAGAAACTGA...
902 aa · LXL04_027786|LXL04_027786|OH1004|PROTEIN
MKAPPNVYQGEGGRKVMNSELWHACAGPMVSLPPVGSLVVYFPQGHSEQVAASMQKDTENIPNYPNLPSKLICMIHSVTLHADAETDEVYAQMTLQPVNKYDQEALLISEMGMKQNKQPSEFFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEKIFPPLDFSMQPPAQELVARDLHDQSWTFRHIYRGQPKRHLLTTGWSIFVNSKRLFAGDGVLFVRNEKSQLLLGIRRANRQQPALSSSVISSDSMHIGILAAAAHAAANNSPFT...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_027786 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_027786 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:23983856-23987480 (+) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to ARF19: Auxin response factor 19 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009630 gravitropism 生物过程 GO:0009638 phototropism 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0009733 response to auxin 生物过程 GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程 GO:0010311 lateral root formation 生物过程 GO:0040008 regulation of growth 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0048366 leaf development 生物过程 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G19220 ath:AT5G20730 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.947
细胞质0.110
细胞膜0.033
内质网0.022
质体0.017
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF02362.27B3123-224 aaPF25313.2BRWD_AD251-354 aaPF06507.20ARF_AD272-354 aaPF02309.23AUX_IAA830-875 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_027786 | PF02362.27 | B3 | 123 | 224 | 2.8e-21 | 76.1 |
| LXL04_027786 | PF25313.2 | BRWD_AD | 251 | 354 | 2.9e-08 | 34.6 |
| LXL04_027786 | PF06507.20 | ARF_AD | 272 | 354 | 2.1e-35 | 121.1 |
| LXL04_027786 | PF02309.23 | AUX_IAA | 830 | 875 | 2.7e-10 | 41.1 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8RYC8 | 拟南芥 | Auxin response factor 19 | 69.697% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
P93022 | 拟南芥 | Auxin response factor 7 | 69.841% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
A3B9A0 | 水稻 | Auxin response factor 16 | 68.238% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
A2YAA5 | 水稻 | Auxin response factor 16 | 68.033% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q6Z2W3 | 水稻 | Auxin response factor 5 | 58.191% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |