LXL04_027669 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027669

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 21533402-21537181 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1549 bp · LXL04_027669|LXL04_027669|OH1004|cDNA

ATGTGTTGGCCAACCCTTGAAAAACAAGGATTTGAACTAATAATCCATATATACCCCTGCTCAACACATCCTTCTCAAATCAATCCAACATCACCATCGCCACAAAATCCCATCTTCCCTCTCCCCCATCTCTACAACCATGCAAGCTCAAGCTCTTCTCCAATCAACCCCACTTCGGGTCTCCCCACTTGACCCGCTTCAGAAACACTCCTTACTCACCAATGTCAAATCGCCTTCACTCACCACCCGCCGCCGCGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1410 bp · LXL04_027669|LXL04_027669|OH1004|CDS

ATGCAAGCTCAAGCTCTTCTCCAATCAACCCCACTTCGGGTCTCCCCACTTGACCCGCTTCAGAAACACTCCTTACTCACCAATGTCAAATCGCCTTCACTCACCACCCGCCGCCGCGCAGTAATCTCCGCCGTCGCCGCCGCCCCCAAACGCGAAACGGATCCCAAGAAACGTGTCGTCATTACCGGTATGGGTCTGGTATCGGTATTCGGAAACGATGTCGATACTTACTATGAGAAGTTGTTGGCGGGGGAGAGCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

469 aa · LXL04_027669|LXL04_027669|OH1004|PROTEIN

MQAQALLQSTPLRVSPLDPLQKHSLLTNVKSPSLTTRRRAVISAVAAAPKRETDPKKRVVITGMGLVSVFGNDVDTYYEKLLAGESGIGLIDRFDASKFPTRFGGQIRGFKADGYIDGKNDRRLDDCLRYCIVAGKKALEDADLGGDKRSKIDKERAGVLVGTGMGGLTVFSDGVKSLIEKGHRKITPFFIPYAITNMGSALLAIDLGFMGPNYSISTACATSNYCFHAAANHIRRGEADMMIAGGTEAAIIPIGLGGFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027669`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027669

位置 Chr06:21533402-21537181 (-)

描述 Similar to KAS1: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46290`	催化脂肪酸合成的缩合反应，通过将来自丙二酰-ACP的两个碳添加到酰基受体上。	暂无已核实直接文献
`At1g74960`	通过加成丙二酰-ACP 的两个碳酰基受体来催化脂肪酸合成缩合反应的必需蛋白。	A KAS2 cDNA complements the phenotypes of the Arabidopsis fab1 mutant that differs in a single residue bordering the substrate binding pocket.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01253.x A Mutant of Arabidopsis Deficient in the Elongation of Palmitic Acid.1994 · DOI: 10.1104/pp.106.1.143 Elevated Levels of High-Melting-Point Phosphatidylglycerols Do Not Induce Chilling Sensitivity in an Arabidopsis Mutant.1995 · DOI: 10.1105/tpc.7.1.17 Modulating seed beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase II level converts the composition of a temperate seed oil to that of a palm-like tropical oil.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0611141104 Expression and developmental function of the 3-ketoacyl-ACP synthase2 gene in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1266/ggs.83.143 Low-temperature damage and subsequent recovery of fab1 mutant Arabidopsis exposed to 2 degrees C.1997 · DOI: 10.1104/pp.113.2.347

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027669 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006636 unsaturated fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010020 chloroplast fission 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0004315 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74960

ath:AT5G46290

syn:sll1069

vch:VC_2019

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.911

排名 1 · LXL04_027669 · OH-1004

线粒体0.129

排名 2 · LXL04_027669 · OH-1004

细胞质0.033

排名 3 · LXL04_027669 · OH-1004

过氧化物酶体0.018

排名 4 · LXL04_027669 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 5 · LXL04_027669 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00109.33ketoacyl-synt57-303 aa

PF02801.29Ketoacyl-synt_C311-423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027669	`PF00109.33`	ketoacyl-synt	57	303	3.3e-60	204.5
LXL04_027669	`PF02801.29`	Ketoacyl-synt_C	311	423	8.3e-34	116.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P52410`	拟南芥	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic	83.264%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C9P4`	拟南芥	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II, chloroplastic	55.660%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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