LXL04_027493 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027493

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 17189443-17191746 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2304 bp · LXL04_027493|LXL04_027493|OH1004|cDNA

ATGCTCTTCAAATCAATCAGTTATGCTACTCATACCAAAGCTTCAATTGCAAAAAGGGGGTGTAGAAGTGCTTTCTTTCACTCATGGCCGTCACAAAACCCTAACGAAAATGGATATACCAGCGATGAGAAATTGGGGCCAAATAGCGTTAGGGTTCCGAATCTTTTTGAAAGTGGTAGGGAGTTTGATATGTGTGGAGAATTGGGCAATGAAGCTGATTCAATTTTTTTGAGAAATACCAACGCGAATGGTAATGAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2304 bp · LXL04_027493|LXL04_027493|OH1004|CDS

ATGCTCTTCAAATCAATCAGTTATGCTACTCATACCAAAGCTTCAATTGCAAAAAGGGGGTGTAGAAGTGCTTTCTTTCACTCATGGCCGTCACAAAACCCTAACGAAAATGGATATACCAGCGATGAGAAATTGGGGCCAAATAGCGTTAGGGTTCCGAATCTTTTTGAAAGTGGTAGGGAGTTTGATATGTGTGGAGAATTGGGCAATGAAGCTGATTCAATTTTTTTGAGAAATACCAACGCGAATGGTAATGAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

767 aa · LXL04_027493|LXL04_027493|OH1004|PROTEIN

MLFKSISYATHTKASIAKRGCRSAFFHSWPSQNPNENGYTSDEKLGPNSVRVPNLFESGREFDMCGELGNEADSIFLRNTNANGNEIEGFRRVENDGDEIRHPLVKEVCRLIDLRSTWTPNLEGELKQSFRSLKPQQVSAVLRYQKDARIALQLFYWADRQWRYQHHPIVYTSMLEILSKTSLYQGAKRIIRLMSRRRIRLHPEAFGYLMVSYSRAGHWRKALQVFSVMEKAKISPNLLVYNIAIYVLVKADKLETAMKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027493`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027493

位置 Chr06:17189443-17191746 (+)

描述 Similar to At5g59900: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59900`	推测的五肽重复蛋白（pentatricopeptide repeat-containing protein）At5g59900。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At1g74580`	推定含五复肽重复的蛋白 At1g74580。	暂无已核实直接文献
`At3g53700`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献
`At1g63080`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63080。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027493 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G59900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.827

排名 1 · LXL04_027493 · OH-1004

质体0.097

排名 2 · LXL04_027493 · OH-1004

细胞核0.056

排名 3 · LXL04_027493 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_027493 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_027493 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_24183-265 aa

PF13812.13PPR_3189-249 aa

PF29070.1MSC6_N193-296 aa

PF17177.11PPR_long207-368 aa

PF13041.13PPR_2209-245 aa

PF13041.13PPR_2240-285 aa

PF13812.13PPR_3248-283 aa

PF23276.3TPR_24257-364 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027493	`PF23276.3`	TPR_24	183	265	3.2e-37	128.1
LXL04_027493	`PF13812.13`	PPR_3	189	249	2.5e-48	162.7
LXL04_027493	`PF29070.1`	MSC6_N	193	296	5.4e-22	79.1
LXL04_027493	`PF17177.11`	PPR_long	207	368	2.1e-30	106.4
LXL04_027493	`PF13041.13`	PPR_2	209	245	1.8e-98	323.2
LXL04_027493	`PF13041.13`	PPR_2	240	285	1.8e-98	323.2
LXL04_027493	`PF13812.13`	PPR_3	248	283	2.5e-48	162.7
LXL04_027493	`PF23276.3`	TPR_24	257	364	3.2e-37	128.1
LXL04_027493	`PF13812.13`	PPR_3	259	319	2.5e-48	162.7
LXL04_027493	`PF12854.14`	PPR_1	269	299	1.8e-100	329.0
LXL04_027493	`PF13041.13`	PPR_2	271	315	1.8e-98	323.2
LXL04_027493	`PF01535.27`	PPR	274	301	6.4e-82	265.0
LXL04_027493	`PF13041.13`	PPR_2	306	355	1.8e-98	323.2
LXL04_027493	`PF29070.1`	MSC6_N	307	402	5.4e-22	79.1
LXL04_027493	`PF12854.14`	PPR_1	339	368	1.8e-100	329.0
LXL04_027493	`PF13041.13`	PPR_2	341	379	1.8e-98	323.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJE6`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900	27.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	29.541%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CA58`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580	25.496%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic	25.787%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial	29.559%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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