LXL04_026849 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026849

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3742861-3753248 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3750 bp · LXL04_026849|LXL04_026849|OH1004|cDNA

ATGGCGGCAAGAGAAGCAGAAGATGTAACAAAACCTTCGGTGACTGGTGAAGAATTGGAAGACGACGACGAACACGATTCAAAAGAGGCAGTGTTTCAGAGATACTTTTTACTAGAATGGAAGGTCGTCAAGTGTATCCTCGACGACATCATTTCGAATGGCCGAGTTGTAGATCTCTCCTCGGTCCACAAGATCCGATCAATCGTGGACAAATATCAGGAGCAAGGACAACTGTTAGAACCATATCTGGAGACCATAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3750 bp · LXL04_026849|LXL04_026849|OH1004|CDS

ATGGCGGCAAGAGAAGCAGAAGATGTAACAAAACCTTCGGTGACTGGTGAAGAATTGGAAGACGACGACGAACACGATTCAAAAGAGGCAGTGTTTCAGAGATACTTTTTACTAGAATGGAAGGTCGTCAAGTGTATCCTCGACGACATCATTTCGAATGGCCGAGTTGTAGATCTCTCCTCGGTCCACAAGATCCGATCAATCGTGGACAAATATCAGGAGCAAGGACAACTGTTAGAACCATATCTGGAGACCATAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1249 aa · LXL04_026849|LXL04_026849|OH1004|PROTEIN

MAAREAEDVTKPSVTGEELEDDDEHDSKEAVFQRYFLLEWKVVKCILDDIISNGRVVDLSSVHKIRSIVDKYQEQGQLLEPYLETIISPLMLIVRSKTLEQGVKSNDLLEVIKPLCIIVYSLVTVCGYKAVIRFFPHQVSDLEPAVSLLEKCHGTTTGTTLRQESTGEMETKCVILLWLSILVLVPFDISSVDTSIANTHSVNANEPPPLVSRILEISKEYLSNAGPMQTIAGLLLSKLLTRPDMLPAYTSFIEWTHGVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026849`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026849

位置 Chr06:3742861-3753248 (+)

描述 Similar to TFCD: Tubulin-folding cofactor D

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60740`	调节种子发育中的微管功能。	The titan mutants of Arabidopsis are disrupted in mitosis and cell cycle control during seed development.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00268.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026849 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0007017 microtubule-based process 生物过程

GO:0007021 tubulin complex assembly 生物过程

GO:0007023 post-chaperonin tubulin folding pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010812 negative regulation of cell-substrate adhesion 生物过程

GO:0031115 negative regulation of microtubule polymerization 生物过程

GO:0034333 adherens junction assembly 生物过程

GO:0070830 bicellular tight junction assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G60740

bta:281515

gga:417334

hsa:6904

mmu:108903

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.503

排名 1 · LXL04_026849 · OH-1004

细胞核0.493

排名 2 · LXL04_026849 · OH-1004

高尔基体0.066

排名 3 · LXL04_026849 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 4 · LXL04_026849 · OH-1004

内质网0.048

排名 5 · LXL04_026849 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23579.2ARM_TBCD69-258 aa

PF25767.2ARM_TBCD_2nd317-561 aa

PF20926.4Htt_N-HEAT_1700-792 aa

PF12612.14TFCD_C930-1118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026849	`PF23579.2`	ARM_TBCD	69	258	2e-55	187.9
LXL04_026849	`PF25767.2`	ARM_TBCD_2nd	317	561	2.5e-109	365.1
LXL04_026849	`PF20926.4`	Htt_N-HEAT_1	700	792	2.4e-07	31.9
LXL04_026849	`PF12612.14`	TFCD_C	930	1118	3e-55	187.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L5R3`	拟南芥	Tubulin-folding cofactor D	65.094%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情