LXL04_026827 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026827

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3448775-3450551 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1008 bp · LXL04_026827|LXL04_026827|OH1004|cDNA

ATGGCGAAAGGAAATGTTTGTGTAACCGGCGGTACGGGGTACTTGGCTTCATGGATGATCAAGACGTTACTGGAAGAAGGATATTTTGTGAATGCTACCATCAGATTTGATTCAGGCTCAATGGAAGATGTGAGCGCCATCATGGCCTTACCGGGGGCACCAGAGAGGATGAAGATTTTCGACGCGGATCTAAACAAACCAGAGACATTTGAGGCACCAATCAAAGGTTGCATTGGGGTGTTCCATGTTGCACATCCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · LXL04_026827|LXL04_026827|OH1004|CDS

ATGGCGAAAGGAAATGTTTGTGTAACCGGCGGTACGGGGTACTTGGCTTCATGGATGATCAAGACGTTACTGGAAGAAGGATATTTTGTGAATGCTACCATCAGATTTGATTCAGGCTCAATGGAAGATGTGAGCGCCATCATGGCCTTACCGGGGGCACCAGAGAGGATGAAGATTTTCGACGCGGATCTAAACAAACCAGAGACATTTGAGGCACCAATCAAAGGTTGCATTGGGGTGTTCCATGTTGCACATCCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

335 aa · LXL04_026827|LXL04_026827|OH1004|PROTEIN

MAKGNVCVTGGTGYLASWMIKTLLEEGYFVNATIRFDSGSMEDVSAIMALPGAPERMKIFDADLNKPETFEAPIKGCIGVFHVAHPIDDEGKESEQVITERAVKGSLGILQACIDSKTVKKVIYTSSACAVVFNDKLSNEILDEESWSNIDLIRTIDKQFGGSYFISKTMTEKTTLEFAEEKGIDVVTVIPTFVSGPFVGTHCPRSVRGSMALILVVCQTYLTGDANIKMLKKTPFVHVDDVARTHIHLLEYPNAKGRYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026827`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026827

位置 Chr06:3448775-3450551 (-)

描述 Similar to Vestitone reductase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45400`	参与油菜素甾醇代谢，调节typhasterol（TY）、castasterone（CS）和brassinolide（BL）的水平。	暂无已核实直接文献
`At5g42800`	参与类黄酮代谢的双功能酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026827 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009718 anthocyanin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0010422 regulation of brassinosteroid biosynthetic process 生物过程

GO:0016131 brassinosteroid metabolic process 生物过程

GO:0016132 brassinosteroid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0042406 extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAB41550

ag:AFB74619

ath:AT2G45400

ath:AT5G42800

mdm:103450464

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.805

排名 1 · LXL04_026827 · OH-1004

细胞核0.258

排名 2 · LXL04_026827 · OH-1004

内质网0.070

排名 3 · LXL04_026827 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 4 · LXL04_026827 · OH-1004

过氧化物酶体0.046

排名 5 · LXL04_026827 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01370.28Epimerase6-256 aa

PF01073.263Beta_HSD8-197 aa

PF07993.19NAD_binding_48-244 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd8-275 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026827	`PF01370.28`	Epimerase	6	256	3.4e-21	76.5
LXL04_026827	`PF01073.26`	3Beta_HSD	8	197	1.1e-14	54.9
LXL04_026827	`PF07993.19`	NAD_binding_4	8	244	5.7e-10	39.5
LXL04_026827	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	8	275	5.7e-09	36.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22133`	拟南芥	Protein BRI1-5 ENHANCED 1	43.491%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P51102`	拟南芥	Dihydroflavonol 4-reductase	39.521%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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