LXL04_026790 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026790

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2917764-2921315 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

657 bp · LXL04_026790|LXL04_026790|OH1004|cDNA

ATGGTGAGAGGGAAGACTCAAATGCGAAGGATTGAAAATGCTACAAGTAGACAAGTGACCTTCTCCAAAAGAAGAAATGGTTTGTTGAAAAAAGCGTTCGAACTCTCTGTGCTTTGTGATGCTGAAGTTGCTTTGATAATCTTCTCTCCAAGAGGCAAACTTTATGAATTTGCAAGCTCAAGCATGCAGGAGACTATAGAACGATATAGAAGTCATGTAAAAGATATTCAAGCAGACAATTCTTCAAGTGTAGAAGATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

657 bp · LXL04_026790|LXL04_026790|OH1004|CDS

ATGGTGAGAGGGAAGACTCAAATGCGAAGGATTGAAAATGCTACAAGTAGACAAGTGACCTTCTCCAAAAGAAGAAATGGTTTGTTGAAAAAAGCGTTCGAACTCTCTGTGCTTTGTGATGCTGAAGTTGCTTTGATAATCTTCTCTCCAAGAGGCAAACTTTATGAATTTGCAAGCTCAAGCATGCAGGAGACTATAGAACGATATAGAAGTCATGTAAAAGATATTCAAGCAGACAATTCTTCAAGTGTAGAAGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

218 aa · LXL04_026790|LXL04_026790|OH1004|PROTEIN

MVRGKTQMRRIENATSRQVTFSKRRNGLLKKAFELSVLCDAEVALIIFSPRGKLYEFASSSMQETIERYRSHVKDIQADNSSSVEDVQHLKQETATMAKKVELLEVAKRKLLGEGLGSSTVDEIVQVEQQLERSVRIIRARKMQVYNEQIEQLQAKEKMLAAENATLTEKCLIHTDQGTEEIRPDLRVVDNGENSDVETELFIGPPEIRRTIKQRWLN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026790`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026790

位置 Chr06:2917764-2921315 (+)

描述 Similar to SOC1: MADS-box protein SOC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45660`	可能参与开花时间及花发育的转录调控。	The AGAMOUS-LIKE 20 MADS domain protein integrates floral inductive pathways in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1101/gad.813600 Direct interaction of AGL24 and SOC1 integrates flowering signals in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1242/dev.020255 The Arabidopsis floral meristem identity genes AP1, AGL24 and SVP directly repress class B and C floral homeotic genes.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03985.x
`At5g62165`	MADS盒转录因子，与 AGL71 和 AGL72 一起调控开花时间。	The Arabidopsis SOC1-like genes AGL42, AGL71 and AGL72 promote flowering in the shoot apical and axillary meristems.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04653.x
`At4g22950`	可能的转录因子，以 FLC 独立的方式促进开花，特别是对短时间寒冷的春化反应。	Polycomb-group proteins repress the floral activator AGL19 in the FLC-independent vernalization pathway.2006 · DOI: 10.1101/gad.377206
`At4g11880`	转录激活剂，通过控制根尖分生组织的大小和图案来调节根发育。	The MADS transcription factor XAL2/AGL14 modulates auxin transport during Arabidopsis root development by regulating PIN expression.2013 · DOI: 10.1038/emboj.2013.216

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0122600`	可能活跃于开花时间控制的转录因子。	Functional analyses of the flowering time gene OsMADS50, the putative SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CO 1/AGAMOUS-LIKE 20 (SOC1/AGL20) ortholog in rice.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02082.x Reciprocal control of flowering time by OsSOC1 in transgenic Arabidopsis and by FLC in transgenic rice.2003 · DOI: 10.1046/j.1467-7652.2003.00034.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009838 abscission 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0010076 maintenance of floral meristem identity 生物过程

GO:0010077 maintenance of inflorescence meristem identity 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45660

ath:AT4G11880

ath:AT4G22950

ath:AT5G62165

dosa:Os03g0122600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · LXL04_026790 · OH-1004

细胞质0.094

排名 2 · LXL04_026790 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 3 · LXL04_026790 · OH-1004

内质网0.012

排名 4 · LXL04_026790 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_026790 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319.24SRF-TF10-57 aa

PF01486.23K-box84-171 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026790	`PF00319.24`	SRF-TF	10	57	2.5e-27	94.8
LXL04_026790	`PF01486.23`	K-box	84	171	1.7e-23	83.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64645`	拟南芥	MADS-box protein SOC1	62.441%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIS1`	拟南芥	MADS-box protein AGL42	55.769%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O82743`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL19	55.963%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38838`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL14	55.349%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XJ60`	水稻	MADS-box transcription factor 50	55.189%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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