LXL04_026695 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026695

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 1520104-1521748 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1038 bp · LXL04_026695|LXL04_026695|OH1004|cDNA

ATGGAGGTTGATTGGGACTTGCATGCGGTGGTCAGAGCCTGTTGCTCCACCGCcgcctcctcctcctcctctaCCGCCGCTTCAACCACATCGACTTCCACCGCCGGAGCTATATCGTGGCCTGTAGATGCTTACAATCAACAAAAACCAAGCTTTCAAGATGAGAATTTCATGGGTTTTTTTCCAGATCCATTTCAAAGAAGAGATGACAACAGTATTGAACAGTTTTTGAATGATGTTAACAACCCCCTACACTTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · LXL04_026695|LXL04_026695|OH1004|CDS

ATGGAGGTTGATTGGGACTTGCATGCGGTGGTCAGAGCCTGTTGCTCCACCGCCGCCTCCTCCTCCTCCTCTACCGCCGCTTCAACCACATCGACTTCCACCGCCGGAGCTATATCGTGGCCTGTAGATGCTTACAATCAACAAAAACCAAGCTTTCAAGATGAGAATTTCATGGGTTTTTTTCCAGATCCATTTCAAAGAAGAGATGACAACAGTATTGAACAGTTTTTGAATGATGTTAACAACCCCCTACACTTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · LXL04_026695|LXL04_026695|OH1004|PROTEIN

MEVDWDLHAVVRACCSTAASSSSSTAASTTSTSTAGAISWPVDAYNQQKPSFQDENFMGFFPDPFQRRDDNSIEQFLNDVNNPLHFPKLQKPPLSPQSLPISPLSVLGGLQDPPLHHHHQLHHHHHNHPQQQQKQLQEKQQSFGISRCTTSNAQNTRSKKRKNQMKKVCQVPAEGLSSDIWSWRKYGQKPIKGSPYPRGYYRCSTSKGCLARKQVERNRSDPDMFIVTYTGEHSHPVPTHRNSLAGSTRNKPTTSGDEDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026695`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026695

位置 Chr06:1520104-1521748 (-)

描述 Similar to WRKY22: WRKY transcription factor 22

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g01250`	参与植物先天免疫反应中防御基因表达的转录因子。	MAP kinase signalling cascade in Arabidopsis innate immunity.2002 · DOI: 10.1038/415977a
`At5g52830`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g34830`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g30650`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g23550`	参与植物先天免疫反应中防御基因表达的转录因子。	MAP kinase signalling cascade in Arabidopsis innate immunity.2002 · DOI: 10.1038/415977a

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026695 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007263 nitric oxide mediated signal transduction 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0140921 negative regulation of thermomorphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30650

ath:AT2G34830

ath:AT4G01250

ath:AT5G52830

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953

排名 1 · LXL04_026695 · OH-1004

细胞质0.153

排名 2 · LXL04_026695 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 3 · LXL04_026695 · OH-1004

线粒体0.018

排名 4 · LXL04_026695 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_026695 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03106.22WRKY179-236 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026695	`PF03106.22`	WRKY	179	236	3.1e-26	92.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04609`	拟南芥	WRKY transcription factor 22	39.665%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLX8`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 27	79.167%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O64747`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 35	40.465%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SA80`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 14	40.284%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SUS1`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 29	55.479%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情