LXL04_026467 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026467

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126816208-126833503 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4317 bp · LXL04_026467|LXL04_026467|OH1004|cDNA

ATGGTTTGTAGTTGGGTGAATTCGTGTCCTGCTCATGTTGGGATGAATTTGGGTTGGCGAGTTTGGAGCGGATCTCGGATCGAACCCGCGCCTGGTAGAGCTGTTTCTCTTGATCCAGAAGCCGTTTTTCCTTCTCCCTGGCTTGCTTTTCGTGGAGGCGCTTCCATTGCCATTTGTTCAGGCCGCCAGGGAACGTCCGTGGGCCGCCGCCCATGTGGCGGAGGAAGAATTGCTGTTGTTACTGGCGGAAACCAAGGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

4317 bp · LXL04_026467|LXL04_026467|OH1004|CDS

ATGGTTTGTAGTTGGGTGAATTCGTGTCCTGCTCATGTTGGGATGAATTTGGGTTGGCGAGTTTGGAGCGGATCTCGGATCGAACCCGCGCCTGGTAGAGCTGTTTCTCTTGATCCAGAAGCCGTTTTTCCTTCTCCCTGGCTTGCTTTTCGTGGAGGCGCTTCCATTGCCATTTGTTCAGGCCGCCAGGGAACGTCCGTGGGCCGCCGCCCATGTGGCGGAGGAAGAATTGCTGTTGTTACTGGCGGAAACCAAGGTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1438 aa · LXL04_026467|LXL04_026467|OH1004|PROTEIN

MVCSWVNSCPAHVGMNLGWRVWSGSRIEPAPGRAVSLDPEAVFPSPWLAFRGGASIAICSGRQGTSVGRRPCGGGRIAVVTGGNQGLGLEICRQLANEVLVVLTARDEKKGINAVAKLHYSGYPDVVFHQLDVTDPTSIASLAFFIELRFRKLDILVNNAGMISSNADEEYFEGVSRLLKEYGLKGYENEKPSKKVETQTFEEAKQCLETNYYGAKYVTQALMPLLRKSTYPRIVNISSKMGQLQHVQDENARKILSDVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026467`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026467

位置 Chr05:126816208-126833503 (+)

描述 Similar to SALR: Salutaridine reductase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61220`	醛还原酶，催化饱和和 α,β-不饱和且碳数大于5的醛的醛基还原反应。	暂无已核实直接文献
`At2g24190`	醛还原酶，催化饱和和 α,β-不饱和且碳数大于5的醛的醛基还原反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026467 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016135 saponin biosynthetic process 生物过程

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能

GO:0047037 salutaridine reductase (NADPH) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.565

排名 1 · LXL04_026467 · OH-1004

细胞核0.232

排名 2 · LXL04_026467 · OH-1004

线粒体0.106

排名 3 · LXL04_026467 · OH-1004

过氧化物酶体0.095

排名 4 · LXL04_026467 · OH-1004

细胞膜0.081

排名 5 · LXL04_026467 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short77-245 aa

PF08659.17KR79-166 aa

PF13561.13adh_short_C284-168 aa

PF00106.32adh_short362-504 aa

PF13561.13adh_short_C2362-500 aa

PF13561.13adh_short_C2549-589 aa

PF00106.32adh_short731-895 aa

PF08659.17KR733-818 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026467	`PF00106.32`	adh_short	77	245	3.1e-116	386.4
LXL04_026467	`PF08659.17`	KR	79	166	3.8e-25	89.6
LXL04_026467	`PF13561.13`	adh_short_C2	84	168	2.5e-87	293.1
LXL04_026467	`PF00106.32`	adh_short	362	504	3.1e-116	386.4
LXL04_026467	`PF13561.13`	adh_short_C2	362	500	2.5e-87	293.1
LXL04_026467	`PF13561.13`	adh_short_C2	549	589	2.5e-87	293.1
LXL04_026467	`PF00106.32`	adh_short	731	895	3.1e-116	386.4
LXL04_026467	`PF08659.17`	KR	733	818	3.8e-25	89.6
LXL04_026467	`PF13561.13`	adh_short_C2	738	893	2.5e-87	293.1
LXL04_026467	`PF13561.13`	adh_short_C2	941	984	2.5e-87	293.1
LXL04_026467	`PF28509.1`	DUF8418	1055	1093	4.1e-17	62.4
LXL04_026467	`PF00106.32`	adh_short	1177	1401	3.1e-116	386.4
LXL04_026467	`PF08659.17`	KR	1180	1263	3.8e-25	89.6
LXL04_026467	`PF13561.13`	adh_short_C2	1185	1266	2.5e-87	293.1
LXL04_026467	`PF13561.13`	adh_short_C2	1297	1403	2.5e-87	293.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2E2`	拟南芥	(+)-neomenthol dehydrogenase	50.182%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZUH5`	拟南芥	Short-chain dehydrogenase/reductase 2b	48.364%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情