LXL04_026463 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026463

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126703283-126706208 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2064 bp · LXL04_026463|LXL04_026463|OH1004|cDNA

ATGAAACGATTGGTTTCATTGCAACTTATATGTGTTTGTTTGGGACTGTTTCTTGCTACCAGTAATGCTGTTCTACCAACAGAAGTTCATGCTCTCACAGTGTTCAAAGAAGCTATATTTGACGACCCATTATTCGTTTTGTCAAACTGGAATGGCTTAGATTCCGATCCTTGTAATTGGGTTGGTGTTTACTGTTCTGAAGATCATGTTAGAAAAGTTAACATTTCTGGCTTTTCCATAAAGGGATTCATAGCTGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2064 bp · LXL04_026463|LXL04_026463|OH1004|CDS

ATGAAACGATTGGTTTCATTGCAACTTATATGTGTTTGTTTGGGACTGTTTCTTGCTACCAGTAATGCTGTTCTACCAACAGAAGTTCATGCTCTCACAGTGTTCAAAGAAGCTATATTTGACGACCCATTATTCGTTTTGTCAAACTGGAATGGCTTAGATTCCGATCCTTGTAATTGGGTTGGTGTTTACTGTTCTGAAGATCATGTTAGAAAAGTTAACATTTCTGGCTTTTCCATAAAGGGATTCATAGCTGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

687 aa · LXL04_026463|LXL04_026463|OH1004|PROTEIN

MKRLVSLQLICVCLGLFLATSNAVLPTEVHALTVFKEAIFDDPLFVLSNWNGLDSDPCNWVGVYCSEDHVRKVNISGFSIKGFIAEELFQLSFLHELVLHGNNLIGSIPKEIGTLKHLKILDLGMNQLSGPIPNQIGDLATVIKINLQYNALTGKMPSELGNLKYLQELRLDRNKLEGTIPGGNSTDFASSMRVIYASSTNANPLGFCRATPLKIADFSYNYLVGSVPKCLEYLPKYLSSSSDSFPSFFPCFLSQFLSFF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026463`
TK1151 ID	TkA06G011210
OH-1004 ID	LXL04_026463
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026463

位置 Chr05:126703283-126706208 (+)

描述 Similar to At1g63430: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g63430

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63430`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g63430。	暂无已核实直接文献
`At4g18640`	通过结合不明的雌性引诱剂参与花粉管对雌性信号的感知。	Analysis of the root-hair morphogenesis transcriptome reveals the molecular identity of six genes with roles in root-hair development in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02609.x
`At5g45840`	参与花粉管对雌性信号的感知。	A receptor heteromer mediates the male perception of female attractants in plants.2016 · DOI: 10.1038/nature16975
`At2g40270`	非活性受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g40270。	暂无已核实直接文献
`At3g56050`	可能的非活性受体样蛋白激酶 At3g56050。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63430

ath:AT2G40270

ath:AT3G56050

ath:AT4G18640

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.821

排名 1 · LXL04_026463 · OH-1004

内质网0.084

排名 2 · LXL04_026463 · OH-1004

细胞质0.082

排名 3 · LXL04_026463 · OH-1004

细胞核0.065

排名 4 · LXL04_026463 · OH-1004

溶酶体／液泡0.029

排名 5 · LXL04_026463 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_226-66 aa

PF23598.2LRR_1488-172 aa

PF12799.14LRR_494-128 aa

PF13855.13LRR_8117-176 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr392-659 aa

PF00069.32Pkinase393-658 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026463	`PF08263.18`	LRRNT_2	26	66	3.4e-11	43.9
LXL04_026463	`PF23598.2`	LRR_14	88	172	1.7e-08	34.3
LXL04_026463	`PF12799.14`	LRR_4	94	128	1e-07	32.7
LXL04_026463	`PF13855.13`	LRR_8	117	176	3.7e-09	36.9
LXL04_026463	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	392	659	1.7e-20	74.2
LXL04_026463	`PF00069.32`	Pkinase	393	658	9.4e-17	62.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGH8`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g63430	56.098%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGQ4`	拟南芥	Protein MALE DISCOVERER 2	30.715%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGU7`	拟南芥	Protein MALE DISCOVERER 1	31.479%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIZ4`	拟南芥	Inactive receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g40270	34.332%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LYN6`	拟南芥	Probable inactive receptor-like protein kinase At3g56050	35.580%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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