LXL04_026410 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026410

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 125943150-125946136 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

912 bp · LXL04_026410|LXL04_026410|OH1004|cDNA

ATGCCTGGACAAAAGATCGAAACAGGTCACACAGACACAATCCACGATGTATCCATGGACTACTACGGGAAACGGGTCGCATCGGCTTCATCAGATGCAACCATCAGAATCACCAGTGCACCCACCGGTTCAAACTCCCACCCTCTTGCCACCCTAACCGGCCACTACGGTCCCGTCTGGCAAGTCGCGTGGGCCCACCCAAAATTCGGGTCGGTTCTCGCATCATGTTCATACGACGGGTCCGTAATCGTCTGGAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

912 bp · LXL04_026410|LXL04_026410|OH1004|CDS

ATGCCTGGACAAAAGATCGAAACAGGTCACACAGACACAATCCACGATGTATCCATGGACTACTACGGGAAACGGGTCGCATCGGCTTCATCAGATGCAACCATCAGAATCACCAGTGCACCCACCGGTTCAAACTCCCACCCTCTTGCCACCCTAACCGGCCACTACGGTCCCGTCTGGCAAGTCGCGTGGGCCCACCCAAAATTCGGGTCGGTTCTCGCATCATGTTCATACGACGGGTCCGTAATCGTCTGGAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

303 aa · LXL04_026410|LXL04_026410|OH1004|PROTEIN

MPGQKIETGHTDTIHDVSMDYYGKRVASASSDATIRITSAPTGSNSHPLATLTGHYGPVWQVAWAHPKFGSVLASCSYDGSVIVWKESHSNEWTQAHTFTSHKSSVNSISWAPHELGLCLACGSSDGSISVHTARSDGGWDTSMIDQAHPVGVNSVTWAPSMAPGELIGSGEFDPVQKLASGGYDNLVKVWKLTDGVWKMDCVSGLKMHSDLVRDVAWAPNLGLPKSTIASCSQDGTVVVWSVGKEGEEWKGQVLNDFKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026410`
TK1151 ID	TkA03G544790
OH-1004 ID	LXL04_026410
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	84.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.003 / OH-1004 98.350 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026410

位置 Chr05:125943150-125946136 (-)

描述 Similar to SEC13B: Protein transport protein SEC13 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30050`	必需用于蛋白质从内质网运输到高尔基体。	MAIGO5 functions in protein export from Golgi-associated endoplasmic reticulum exit sites in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118158
`At3g01340`	必需用于蛋白质从内质网运输到高尔基体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026410 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0031669 cellular response to nutrient levels 生物过程

GO:0032008 positive regulation of TOR signaling 生物过程

GO:0032527 protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0072659 protein localization to plasma membrane 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0090114 COPII-coated vesicle budding 生物过程

GO:1904263 positive regulation of TORC1 signaling 生物过程

GO:0000776 kinetochore 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30050

ath:AT3G01340

bta:512530

mmu:110379

rno:297522

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.607

排名 1 · LXL04_026410 · OH-1004

细胞核0.598

排名 2 · LXL04_026410 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 3 · LXL04_026410 · OH-1004

溶酶体／液泡0.049

排名 4 · LXL04_026410 · OH-1004

内质网0.038

排名 5 · LXL04_026410 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24817.2WD40_WDHD1_1st5-135 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st8-174 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR58-138 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st8-132 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd8-89 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz9-136 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC310-161 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd13-137 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026410	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	5	135	2.8e-21	76.7
LXL04_026410	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	8	174	3.9e-32	112.4
LXL04_026410	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	8	138	1.7e-31	110.3
LXL04_026410	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	8	132	1.2e-25	91.0
LXL04_026410	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	8	89	1.9e-11	44.5
LXL04_026410	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	9	136	9.4e-23	81.7
LXL04_026410	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	10	161	1.1e-33	117.1
LXL04_026410	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	13	137	3.3e-09	36.9
LXL04_026410	`PF24814.2`	WD40_Prp19	14	171	1e-23	84.5
LXL04_026410	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	24	134	7.1e-14	52.3
LXL04_026410	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	25	141	6.3e-08	32.7
LXL04_026410	`PF24797.2`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	44	144	2.6e-12	47.3
LXL04_026410	`PF00400.39`	WD40	48	85	2e-33	114.1
LXL04_026410	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	50	133	4.8e-19	69.3
LXL04_026410	`PF24796.2`	WDR55	66	245	1.1e-11	45.0
LXL04_026410	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	70	137	1e-17	65.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64740`	拟南芥	Protein transport protein SEC13 homolog B	73.179%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SRI1`	拟南芥	Protein transport protein SEC13 homolog A	72.517%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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