LXL04_025958 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025958

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 119047189-119050340 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1695 bp · LXL04_025958|LXL04_025958|OH1004|cDNA

ATGCCCAATCCCAGCAGTAGTACGTCGGAACCTCTTATTGCTGCTTCATCGGAGCAGCCTTATCGGACTGCATTTCACTTCCAGCCTCCCAAAAACTGGATGAACGGACCCATGTGGTTTAATGGAGTATACCACTTCTTTTATCAACACAACCCTTTTAAACCGGTATTCGATGCACGCATGTATTGGGGACACTCCATATCATACGACATGGTAAATTGGACCCATCTAGACCACGCTTTTACTCCAACCGAGCCCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1695 bp · LXL04_025958|LXL04_025958|OH1004|CDS

ATGCCCAATCCCAGCAGTAGTACGTCGGAACCTCTTATTGCTGCTTCATCGGAGCAGCCTTATCGGACTGCATTTCACTTCCAGCCTCCCAAAAACTGGATGAACGGACCCATGTGGTTTAATGGAGTATACCACTTCTTTTATCAACACAACCCTTTTAAACCGGTATTCGATGCACGCATGTATTGGGGACACTCCATATCATACGACATGGTAAATTGGACCCATCTAGACCACGCTTTTACTCCAACCGAGCCCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

564 aa · LXL04_025958|LXL04_025958|OH1004|PROTEIN

MPNPSSSTSEPLIAASSEQPYRTAFHFQPPKNWMNGPMWFNGVYHFFYQHNPFKPVFDARMYWGHSISYDMVNWTHLDHAFTPTEPYDINGCWSGSATILPENKLVMLYTGRDSKERQVQNSAVPKDLNDPYLKEWVKNVDNPIINLPEGIEPDLFRDPSTAWLDEDGKWRIVVGSQKDKMGIVFLYHSSDFVTWTKSDSPFHQVPGTGTYECPEFFPVLIDGTNAVDTSVVAPTNGVKHVLKVALQDHFRDYYVLGDYS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025958`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025958

位置 Chr05:119047189-119050340 (-)

描述 Similar to CWINV3: Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55120`	6-果聚糖外水解酶，可利用phlein、左旋糖、neokestose、levanbiose、6-葡萄糖和1-葡萄糖作为底物。	暂无已核实直接文献
`At3g13790`	β-呋喃果糖苷酶，可以使用蔗糖和 1-酮糖，以及较低程度的新酮糖和果聚糖作为底物，但不能使用菊糖。	Unraveling the difference between invertases and fructan exohydrolases: a single amino acid (Asp-239) substitution transforms Arabidopsis cell wall invertase1 into a fructan 1-exohydrolase.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.105049

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YZ01`	可能在种子发育期间的蔗糖分配中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004564 beta-fructofuranosidase activity 分子功能

GO:0033949 fructan beta-(2,6)-fructosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:CAD48404

ath:AT1G55120

ath:AT3G13790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.419

排名 1 · LXL04_025958 · OH-1004

溶酶体／液泡0.168

排名 2 · LXL04_025958 · OH-1004

内质网0.152

排名 3 · LXL04_025958 · OH-1004

细胞核0.130

排名 4 · LXL04_025958 · OH-1004

细胞外0.093

排名 5 · LXL04_025958 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00251.27Glyco_hydro_32N26-342 aa

PF08244.20Glyco_hydro_32C345-537 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025958	`PF00251.27`	Glyco_hydro_32N	26	342	2.7e-89	300.5
LXL04_025958	`PF08244.20`	Glyco_hydro_32C	345	537	2.1e-25	90.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q67XZ3`	拟南芥	Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV3	53.102%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q43866`	拟南芥	Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV1	48.921%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2YZ01`	水稻	Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme 7	46.441%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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