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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_025889
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 118198050-118201096 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2598 bp · LXL04_025889|LXL04_025889|OH1004|cDNA

ATGGCGGTTCAACTGACGGAAGGCGCAATAGCAATGATATGTACTGGACAATGGGAACCGGCGGACGTGCAACCTGTGCTTCAGGTGACGGATCTTCGGATTGTTTCGACACAGAATTCTTCTTCTGGAAAAGTGGATAGATACCGGCTTATGCTATCTGATGGTACGTTTTCTCAGCAAGGGATGCTTGCTACTCAGCAGAATGATTTGGTTAGATGTAACCAGATGCAGAAGGGCTCTATTGTTCGGTTGAAGGACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2598 bp · LXL04_025889|LXL04_025889|OH1004|CDS

ATGGCGGTTCAACTGACGGAAGGCGCAATAGCAATGATATGTACTGGACAATGGGAACCGGCGGACGTGCAACCTGTGCTTCAGGTGACGGATCTTCGGATTGTTTCGACACAGAATTCTTCTTCTGGAAAAGTGGATAGATACCGGCTTATGCTATCTGATGGTACGTTTTCTCAGCAAGGGATGCTTGCTACTCAGCAGAATGATTTGGTTAGATGTAACCAGATGCAGAAGGGCTCTATTGTTCGGTTGAAGGACTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

865 aa · LXL04_025889|LXL04_025889|OH1004|PROTEIN

MAVQLTEGAIAMICTGQWEPADVQPVLQVTDLRIVSTQNSSSGKVDRYRLMLSDGTFSQQGMLATQQNDLVRCNQMQKGSIVRLKDYLRNMIQERMYFVSKLDFLMCGGFNVETVTNLIYSLVVLDQCYCNIHTSLSITFINHCLKFVWHPFISFFSILIIINIEVIVPFCEPIGQPKAFPVRSSSEPPSPIQAFNQPAITSTTPQTFMGHNSFPRPANSPIYPPNQEHNTAFHSYGNNPMSPHSIPSFSRSPTTTTTYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_025889
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_025889
位置Chr05:118198050-118201096 (-)
描述Similar to RPA1C: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit C
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g45400 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。 暂无已核实直接文献
At4g19130 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。 暂无已核实直接文献
At2g06510 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 的组成部分。
Replication protein A (AtRPA1a) is required for class I crossover formation but is dispensable for meiotic DNA break repair.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2008.295
Arabidopsis replication protein A 70a is required for DNA damage response and telomere length homeostasis.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp140

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0111000 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。 暂无已核实直接文献
Os02g0776800 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 的组成部分。
Two types of replication protein A in seed plants.2005 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2005.04719.x
Replication protein A (RPA1a) is required for meiotic and somatic DNA repair but is dispensable for DNA replication and homologous recombination in rice.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142877
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025889 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程
GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程
GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005662 DNA replication factor A complex 细胞组分
GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0043047 single-stranded telomeric DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G19130
ath:AT5G45400
dosa:Os05g0111000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901
排名 1 · LXL04_025889 · OH-1004
细胞质0.230
排名 2 · LXL04_025889 · OH-1004
线粒体0.027
排名 3 · LXL04_025889 · OH-1004
细胞膜0.022
排名 4 · LXL04_025889 · OH-1004
内质网0.015
排名 5 · LXL04_025889 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04057.19Rep-A_N5-104 aa
PF01336.32tRNA_anti-codon304-374 aa
PF16900.12REPA_OB_2414-517 aa
PF08646.17Rep_fac-A_C571-718 aa
PF00098.29zf-CCHC823-838 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_025889PF04057.19Rep-A_N51042.2e-2279.7
LXL04_025889PF01336.32tRNA_anti-codon3043742.2e-1247.4
LXL04_025889PF16900.12REPA_OB_24145172.1e-31108.5
LXL04_025889PF08646.17Rep_fac-A_C5717184.4e-49166.7
LXL04_025889PF00098.29zf-CCHC8238381e-0732.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FHJ6拟南芥Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit C43.370%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4JSG3拟南芥Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit E49.213%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SKI4拟南芥Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A44.953%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q65XV7水稻Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit C39.203%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q6YZ49水稻Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A44.490%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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