LXL04_025777 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025777

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 116822894-116831444 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4554 bp · LXL04_025777|LXL04_025777|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTGGTGATAGAAGAACCGCAGAAGAAAAAGCCATCGACGAATGGCTTCCAGTGACATCCTCCCGAAACGCAAAGTGGTGGTACTCAGCTTTCCACAATGTCACCGCCATGGTCGGCGCCGGCGTCCTCAGTCTCCCCTACGCTCTATCCCAACTCGGATGGGGATTCGGAATCACAGTACTCCTCCTCTCGTGGATAATCACCCTCTACACCCTCTGGCAAATGGTGGAAATGCACGAAATGGTTCCAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4554 bp · LXL04_025777|LXL04_025777|OH1004|CDS

ATGGCGTCTGGTGATAGAAGAACCGCAGAAGAAAAAGCCATCGACGAATGGCTTCCAGTGACATCCTCCCGAAACGCAAAGTGGTGGTACTCAGCTTTCCACAATGTCACCGCCATGGTCGGCGCCGGCGTCCTCAGTCTCCCCTACGCTCTATCCCAACTCGGATGGGGATTCGGAATCACAGTACTCCTCCTCTCGTGGATAATCACCCTCTACACCCTCTGGCAAATGGTGGAAATGCACGAAATGGTTCCAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1517 aa · LXL04_025777|LXL04_025777|OH1004|PROTEIN

MASGDRRTAEEKAIDEWLPVTSSRNAKWWYSAFHNVTAMVGAGVLSLPYALSQLGWGFGITVLLLSWIITLYTLWQMVEMHEMVPGKRFDRYHELGQHAFGEKLGLYIVVPQQLIVEVGTCIVYMVTGGKSLQKFQQSVCPDCKPLKTTYFILIFASVHFILAHLPNFNSISCVSLAAAIMSLSYSTIAWMASWNRGAHHGVDYSPRSKTPLGQMFGMFSALGDVAFAYAGHNVVLEIQATIPSTPEKPSKGPMWLGCVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025777`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025777

位置 Chr05:116822894-116831444 (-)

描述 Similar to LHT1: Lysine histidine transporter 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40780`	氨基酸-质子同向转运体。	Arabidopsis LHT1 is a high-affinity transporter for cellular amino acid uptake in both root epidermis and leaf mesophyll.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.041012 Comprehensive screening of Arabidopsis mutants suggests the lysine histidine transporter 1 to be involved in plant uptake of amino acids.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092205 Root uptake of cationic amino acids by Arabidopsis depends on functional expression of amino acid permease 5.2008 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2008.02589.x LHT1, a lysine- and histidine-specific amino acid transporter in arabidopsis.1997 · DOI: 10.1104/pp.115.3.1127
`At1g24400`	氨基酸-质子同向转运体。	Selective expression of a novel high-affinity transport system for acidic and neutral amino acids in the tapetum cells of Arabidopsis flowers.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02186.x
`At1g48640`	氨基酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g67640`	氨基酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g33350`	含五螺旋重复序列蛋白At1g33350。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025777 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003333 amino acid transmembrane transport 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0043090 amino acid import 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0015171 amino acid transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015172 acidic amino acid transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24400

ath:AT1G33350

ath:AT1G48640

ath:AT1G67640

ath:AT5G40780

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.322

排名 1 · LXL04_025777 · OH-1004

质体0.187

排名 2 · LXL04_025777 · OH-1004

细胞核0.094

排名 3 · LXL04_025777 · OH-1004

高尔基体0.089

排名 4 · LXL04_025777 · OH-1004

细胞膜0.080

排名 5 · LXL04_025777 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01490.25Aa_trans25-420 aa

PF03222.20Trp_Tyr_perm31-182 aa

PF22062.3OB_DPOA2605-705 aa

PF04042.22DNA_pol_E_B745-942 aa

PF12854.14PPR_11155-1184 aa

PF13041.13PPR_21156-1188 aa

PF01535.27PPR1159-1187 aa

PF13041.13PPR_21188-1229 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025777	`PF01490.25`	Aa_trans	25	420	1.9e-104	350.3
LXL04_025777	`PF03222.20`	Trp_Tyr_perm	31	182	5.1e-07	29.9
LXL04_025777	`PF22062.3`	OB_DPOA2	605	705	4.9e-23	81.9
LXL04_025777	`PF04042.22`	DNA_pol_E_B	745	942	3.8e-39	135.0
LXL04_025777	`PF12854.14`	PPR_1	1155	1184	4.4e-29	100.6
LXL04_025777	`PF13041.13`	PPR_2	1156	1188	2.9e-46	156.1
LXL04_025777	`PF01535.27`	PPR	1159	1187	4.2e-42	140.2
LXL04_025777	`PF13041.13`	PPR_2	1188	1229	2.9e-46	156.1
LXL04_025777	`PF01535.27`	PPR	1191	1219	4.2e-42	140.2
LXL04_025777	`PF13812.13`	PPR_3	1288	1335	4e-15	56.3
LXL04_025777	`PF13041.13`	PPR_2	1289	1336	2.9e-46	156.1
LXL04_025777	`PF01535.27`	PPR	1292	1320	4.2e-42	140.2
LXL04_025777	`PF29070.1`	MSC6_N	1293	1385	1.4e-07	31.7
LXL04_025777	`PF20431.5`	E_motif	1406	1468	5.8e-14	52.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKS8`	拟南芥	Lysine histidine transporter 1	74.217%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LRB5`	拟南芥	Lysine histidine transporter 2	72.664%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C733`	拟南芥	Lysine histidine transporter-like 1	68.396%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SR44`	拟南芥	Lysine histidine transporter-like 2	73.494%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C501`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g33350	52.416%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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