LXL04_025754 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025754

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 116623421-116628320 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

735 bp · LXL04_025754|LXL04_025754|OH1004|cDNA

ATGGGGAGAGGGAGAGTAGAATTGAAGAGGATAGAGAACAAAATCAACCGACAAGTGACCTTCGCCAAGCGCAGGAATGGACTATTGAAAAAAGCTTACGAGCTCTCCGTTCTCTGTGATGCGGAAGTTGCGTTGATCATCTTCTCCAACAGGGGAAAACTTTATGAGTTTTGTAGCAGCTCAAGCATGCTGAAAACACTGGAGAGGTATCAAAAATGCAACTATGGAGCACCAGAGTCAAATGTTTCTGCTAGGGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

735 bp · LXL04_025754|LXL04_025754|OH1004|CDS

ATGGGGAGAGGGAGAGTAGAATTGAAGAGGATAGAGAACAAAATCAACCGACAAGTGACCTTCGCCAAGCGCAGGAATGGACTATTGAAAAAAGCTTACGAGCTCTCCGTTCTCTGTGATGCGGAAGTTGCGTTGATCATCTTCTCCAACAGGGGAAAACTTTATGAGTTTTGTAGCAGCTCAAGCATGCTGAAAACACTGGAGAGGTATCAAAAATGCAACTATGGAGCACCAGAGTCAAATGTTTCTGCTAGGGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

244 aa · LXL04_025754|LXL04_025754|OH1004|PROTEIN

MGRGRVELKRIENKINRQVTFAKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSNRGKLYEFCSSSSMLKTLERYQKCNYGAPESNVSAREALELSSQQEYLKLKTRYEALQRSQRNLLGEDLGPLNCKELESLEKQLDTSLKHIRSARTQLMLDTLSDLQKKEQALNEANRTLKQRLIEGDQVNSLHWYPHAQQEVCYERQPQHQNDEAFFHPLDCGPTLQIGYQTDSMTASGAGPSMNNYMQGWLPC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025754`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025754

位置 Chr05:116623421-116628320 (+)

描述 Similar to MADS4: Agamous-like MADS-box protein MADS4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g24260`	可能在花序发育和花器官发生中活跃的转录因子。	Complexes of MADS-box proteins are sufficient to convert leaves into floral organs.2001 · DOI: 10.1038/35054083 Mutant analysis, protein-protein interactions and subcellular localization of the Arabidopsis B sister (ABS) protein.2005 · DOI: 10.1007/s00438-005-0010-y

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025754 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009888 tissue development 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048440 carpel development 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0048833 specification of floral organ number 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24260

vvi:100232869

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.974

排名 1 · LXL04_025754 · OH-1004

细胞质0.092

排名 2 · LXL04_025754 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 3 · LXL04_025754 · OH-1004

内质网0.015

排名 4 · LXL04_025754 · OH-1004

质体0.009

排名 5 · LXL04_025754 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319.24SRF-TF10-57 aa

PF01486.23K-box91-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025754	`PF00319.24`	SRF-TF	10	57	1.2e-26	92.5
LXL04_025754	`PF01486.23`	K-box	91	173	2.3e-26	92.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22456`	拟南芥	Developmental protein SEPALLATA 3	73.896%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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