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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_025720
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115841402-115845474 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3318 bp · LXL04_025720|LXL04_025720|OH1004|cDNA

ATGGGGAAAGATTTATTGGTATCTGTAGGTGTGGATGTAGAGGAAGGTGAAATTTCGGATTCGGCGTCTATTGAAGAGATCAGTGCGGAGGATTTTGGTGTTAAGTCGCCGCCGGTTGGGACAGAGATTGCTGCTTCTAAGAATGCAGTCGATGATGATTCCAAGCAACAACAGCAGCAGCATCAGCAAGTTTGGACGATGCAGGATCTGTTAAAGTATCAGAATAAGTATCATAGGAATTACGCACCTGGCTTGTATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3318 bp · LXL04_025720|LXL04_025720|OH1004|CDS

ATGGGGAAAGATTTATTGGTATCTGTAGGTGTGGATGTAGAGGAAGGTGAAATTTCGGATTCGGCGTCTATTGAAGAGATCAGTGCGGAGGATTTTGGTGTTAAGTCGCCGCCGGTTGGGACAGAGATTGCTGCTTCTAAGAATGCAGTCGATGATGATTCCAAGCAACAACAGCAGCAGCATCAGCAAGTTTGGACGATGCAGGATCTGTTAAAGTATCAGAATAAGTATCATAGGAATTACGCACCTGGCTTGTATAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1105 aa · LXL04_025720|LXL04_025720|OH1004|PROTEIN

MGKDLLVSVGVDVEEGEISDSASIEEISAEDFGVKSPPVGTEIAASKNAVDDDSKQQQQQHQQVWTMQDLLKYQNKYHRNYAPGLYNFAWAQAVQNKPLDDYLTTMNTSTPTDNNLKQPLLNDDNNNIEVKKEVTVNNDKDVVDISDDGESEKEEGELEEGEIDLDMEVVNAGKQGGVEDNVEKWINIIRIGLESITINDAKKSFTGVCSRLEDFLDSFSKLFLEKSISNKDDLGHLAFSSIQLVNSVYCSMSQTHKEQN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_025720
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_025720
位置Chr05:115841402-115845474 (-)
描述Similar to CPL3: RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g33540 催化RNA聚合酶Ⅱ最大亚基RPB1的C端结构域（CTD）中七肽重复序列YSPTSPS的去磷酸化：完全去除Ser-2的磷酸基，并部分去除Ser-5和Ser-7的磷酸基。
C-terminal domain phosphatase-like family members (AtCPLs) differentially regulate Arabidopsis thaliana abiotic stress signaling, growth, and development.2002 · DOI: 10.1073/pnas.112276199
Arabidopsis carboxyl-terminal domain phosphatase-like isoforms share common catalytic and interaction domains but have distinct in planta functions.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.084939
Modulation of RNA polymerase II phosphorylation downstream of pathogen perception orchestrates plant immunity.2014 · DOI: 10.1016/j.chom.2014.10.018
A genetics screen highlights emerging roles for CPL3, RST1 and URT1 in RNA metabolism and silencing.2019 · DOI: 10.1038/s41477-019-0419-7
At5g58003 连续性去磷酸化最大RNA聚合酶II亚基(RPB1)C端结构域的七肽重复序列YSPTSPS中的“Ser-2”和/或“Ser-5”。
Arabidopsis carboxyl-terminal domain phosphatase-like isoforms share common catalytic and interaction domains but have distinct in planta functions.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.084939
At3g19600 介导最大 RNA 聚合酶 II 亚基 (RPB1) 的 C 端结构域重复序列 YSPTSPS 中 'Ser-2' 的去磷酸化。
AtCPL5, a novel Ser-2-specific RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase, positively regulates ABA and drought responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03601.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:1900369 negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA 生物过程
GO:1902074 response to salt 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G33540
ath:AT3G19595
ath:AT3G19600
ath:AT5G58003
cel:CELE_F36F2.6
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.914
排名 1 · LXL04_025720 · OH-1004
细胞质0.179
排名 2 · LXL04_025720 · OH-1004
线粒体0.029
排名 3 · LXL04_025720 · OH-1004
细胞膜0.025
排名 4 · LXL04_025720 · OH-1004
内质网0.013
排名 5 · LXL04_025720 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25505.2ARM_CPL3186-307 aa
PF03031.25NIF796-948 aa
PF12738.14PTCB-BRCT1035-1085 aa
PF00533.34BRCT1040-1089 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_025720PF25505.2ARM_CPL31863071.9e-41141.5
LXL04_025720PF03031.25NIF7969484.5e-2382.4
LXL04_025720PF12738.14PTCB-BRCT103510856.7e-0626.7
LXL04_025720PF00533.34BRCT104010892.1e-0731.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LL04拟南芥RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 344.252%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q00IB6拟南芥RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 444.785%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4JCB2拟南芥RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 533.796%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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