LXL04_025612 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025612

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 114242685-114244727 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1773 bp · LXL04_025612|LXL04_025612|OH1004|cDNA

ATGGGAGGTATAGACGATGATGAACCACCATCAAAACGTGCAAAGTCTTCTTCCAAAGAACTAAAAAGTCTTTCAAATAGCAAGTTTCCAGAAAAACCTGCAACTCACTCATTCAGTGCTTCAATGGCTCGACCCCTAGCCCTAGCTTCCCAAGGGGATGATGAAGTAATTGGTACAAAAGGAGTTAAAAAAGTGGAATTTGTCCGAATTATAGCTGAAGCATTATACTCTCTTGGATACAGTAAAACAGGTGCATGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1773 bp · LXL04_025612|LXL04_025612|OH1004|CDS

ATGGGAGGTATAGACGATGATGAACCACCATCAAAACGTGCAAAGTCTTCTTCCAAAGAACTAAAAAGTCTTTCAAATAGCAAGTTTCCAGAAAAACCTGCAACTCACTCATTCAGTGCTTCAATGGCTCGACCCCTAGCCCTAGCTTCCCAAGGGGATGATGAAGTAATTGGTACAAAAGGAGTTAAAAAAGTGGAATTTGTCCGAATTATAGCTGAAGCATTATACTCTCTTGGATACAGTAAAACAGGTGCATGTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

590 aa · LXL04_025612|LXL04_025612|OH1004|PROTEIN

MGGIDDDEPPSKRAKSSSKELKSLSNSKFPEKPATHSFSASMARPLALASQGDDEVIGTKGVKKVEFVRIIAEALYSLGYSKTGACLEEESGIPFHSSTVTDFIQQVLNGNWDGSLSSLHKIGIIEDSIIKSASFMILQQKFFELLDHGKSMEALKTLRTEISPLEINSNRVRELSSFILSPTHKTINGVSSQESLKLKPRSQLLEDLQKLFPPTVMIPDRRLLQLVEQALDLQREACLFHNSSVGETSLFTDHHCGRDQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025612`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025612

位置 Chr05:114242685-114244727 (-)

描述 Similar to WDR26: WD repeat-containing protein 26 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08560`	作为参与光、激素和非生物胁迫反应之间串扰调节的成分。	An Arabidopsis WDR protein coordinates cellular networks involved in light, stress response and hormone signals.2015 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2015.09.024
`At5g43920`	含 WD 重复的 WDS 同源蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025612 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08560

ath:AT5G43920

hsa:80232

xtr:733878

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.641

排名 1 · LXL04_025612 · OH-1004

细胞质0.361

排名 2 · LXL04_025612 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 3 · LXL04_025612 · OH-1004

溶酶体／液泡0.031

排名 4 · LXL04_025612 · OH-1004

线粒体0.030

排名 5 · LXL04_025612 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23627.3LisH_WDR2655-97 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd234-371 aa

PF30552.1CFAP251_N260-433 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz262-356 aa

PF24814.2WD40_Prp19263-496 aa

PF25460.2Beta-prop_Aladin263-351 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st264-476 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st264-356 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025612	`PF23627.3`	LisH_WDR26	55	97	3e-19	68.8
LXL04_025612	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	234	371	8.2e-13	49.1
LXL04_025612	`PF30552.1`	CFAP251_N	260	433	5.5e-07	29.8
LXL04_025612	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	262	356	2.7e-33	116.3
LXL04_025612	`PF24814.2`	WD40_Prp19	263	496	7.7e-31	107.9
LXL04_025612	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	263	351	6.8e-18	65.6
LXL04_025612	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	264	476	4.6e-49	167.9
LXL04_025612	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	264	356	2.2e-39	135.8
LXL04_025612	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	264	406	7.8e-27	94.9
LXL04_025612	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	264	359	8.9e-27	94.8
LXL04_025612	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	264	435	1.1e-16	61.9
LXL04_025612	`PF20426.5`	NBCH_WD40	264	504	1.2e-07	31.7
LXL04_025612	`PF00400.39`	WD40	265	300	8.8e-40	134.2
LXL04_025612	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	265	355	2.2e-19	70.4
LXL04_025612	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	265	427	1.9e-11	44.2
LXL04_025612	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	266	326	8.4e-26	91.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNN2`	拟南芥	WD repeat-containing protein 26 homolog	55.593%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FND4`	拟南芥	WD repeat-containing protein WDS homolog	43.640%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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