LXL04_025414 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025414

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 111243394-111245511 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

900 bp · LXL04_025414|LXL04_025414|OH1004|cDNA

ATGGCATTACCCGTGGATCACAAGGCCAACATAATTGATGGAAAAGCAATCGCCCAAACAATTCGTTCTGAAATCGCCTCTGAAGTCAGTACATTGATTGAGAAATATGGCAAGGCACCAGGACTTGCTGTGGTGATTGTGGGCCATAGAAAAGATTCTCAAAGTTACGTAAGCATGAAGAGAAAAGCATGCTATGAGGTTGGAATCAAGTCCATTGACATAGACCTTCCGGAACAAGTACCCGAATCCGAATTAATCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

900 bp · LXL04_025414|LXL04_025414|OH1004|CDS

ATGGCATTACCCGTGGATCACAAGGCCAACATAATTGATGGAAAAGCAATCGCCCAAACAATTCGTTCTGAAATCGCCTCTGAAGTCAGTACATTGATTGAGAAATATGGCAAGGCACCAGGACTTGCTGTGGTGATTGTGGGCCATAGAAAAGATTCTCAAAGTTACGTAAGCATGAAGAGAAAAGCATGCTATGAGGTTGGAATCAAGTCCATTGACATAGACCTTCCGGAACAAGTACCCGAATCCGAATTAATCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

299 aa · LXL04_025414|LXL04_025414|OH1004|PROTEIN

MALPVDHKANIIDGKAIAQTIRSEIASEVSTLIEKYGKAPGLAVVIVGHRKDSQSYVSMKRKACYEVGIKSIDIDLPEQVPESELIAKVHELNIDPNVHGILVQLPLPKHINEEKVLTEISIEKDVDGFHPLNIGKLAMKGRDPLFLPCTPKGCIELLKRSGVTIKGKRAVVVGRSNIVGLPVSLLLLKEDATVTVVHSRTENPETMIRDADIVIAAAGQPMMIKGSWIKEGAAVIDVGTNAVDDTSRKSGYRLVGDVDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025414`
TK1151 ID	TkA06G060960
OH-1004 ID	LXL04_025414
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025414

位置 Chr05:111243394-111245511 (+)

描述 Similar to FOLD2: Bifunctional protein FolD 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12290`	催化5,10-亚甲基四氢叶酸氧化为5,10-亚甲酰四氢叶酸，然后水解5,10-亚甲酰四氢叶酸生成10-甲酰四氢叶酸。	暂无已核实直接文献
`At4g00620`	催化5,10-亚甲基四氢叶酸氧化为5,10-亚甲酰四氢叶酸，然后水解5,10-亚甲酰四氢叶酸生成10-甲酰四氢叶酸。	暂无已核实直接文献
`At2g38660`	催化5,10-亚甲基四氢叶酸氧化为5,10-亚甲酰四氢叶酸，然后水解5,10-亚甲酰四氢叶酸生成10-甲酰四氢叶酸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025414 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000105 L-histidine biosynthetic process 生物过程

GO:0006164 purine nucleotide biosynthetic process 生物过程

GO:0009086 methionine biosynthetic process 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0035999 tetrahydrofolate interconversion 生物过程

GO:0046653 tetrahydrofolate metabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004477 methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity 分子功能

GO:0004488 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38660

ath:AT3G12290

ath:AT4G00620

geo:Geob_1799

gur:Gura_1169

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.658

排名 1 · LXL04_025414 · OH-1004

细胞核0.288

排名 2 · LXL04_025414 · OH-1004

线粒体0.149

排名 3 · LXL04_025414 · OH-1004

质体0.096

排名 4 · LXL04_025414 · OH-1004

过氧化物酶体0.065

排名 5 · LXL04_025414 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00763.29THF_DHG_CYH12-127 aa

PF02882.26THF_DHG_CYH_C148-295 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025414	`PF00763.29`	THF_DHG_CYH	12	127	6.3e-43	146.4
LXL04_025414	`PF02882.26`	THF_DHG_CYH_C	148	295	5.3e-61	205.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHH7`	拟南芥	Bifunctional protein FolD 2	79.264%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O65271`	拟南芥	Bifunctional protein FolD 4, chloroplastic	64.236%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2RVV7`	拟南芥	Bifunctional protein FolD 1, mitochondrial	59.933%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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