LXL04_025310 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025310

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 109519381-109520463 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1083 bp · LXL04_025310|LXL04_025310|OH1004|cDNA

ATGGACTCCCTTACCCTCGTCTGCACCGTCTCCCTTCTCGCCGGCGGCCTTTACTGGTTCGTCTGCATCCTTGGGTCCGCCGAACAGAAAGGCAAGCACGCCGTTCAGCTCTCTGGAGGCTCAATCGAACGTGATAATGTTCAAGACAATTACAACGAGTACTGGTCTTTCTTCCGCCGCCCCAAAGAGATCGAGAAGGCTGAAAATGTCCCGGCTTTCGTCGACACCTTTTATAACCTCGTCACGGATATCTACGAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1083 bp · LXL04_025310|LXL04_025310|OH1004|CDS

ATGGACTCCCTTACCCTCGTCTGCACCGTCTCCCTTCTCGCCGGCGGCCTTTACTGGTTCGTCTGCATCCTTGGGTCCGCCGAACAGAAAGGCAAGCACGCCGTTCAGCTCTCTGGAGGCTCAATCGAACGTGATAATGTTCAAGACAATTACAACGAGTACTGGTCTTTCTTCCGCCGCCCCAAAGAGATCGAGAAGGCTGAAAATGTCCCGGCTTTCGTCGACACCTTTTATAACCTCGTCACGGATATCTACGAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

360 aa · LXL04_025310|LXL04_025310|OH1004|PROTEIN

MDSLTLVCTVSLLAGGLYWFVCILGSAEQKGKHAVQLSGGSIERDNVQDNYNEYWSFFRRPKEIEKAENVPAFVDTFYNLVTDIYEWGWGQSFHFSPAIPGKSNLESTRIHEEMAVDLIGVKPGQKILDAGCGVGGPMRAIAAHSGCNVVGITINEYQVSRAKAHNKKAGLDKLCDVVCGNFLEMPFEDNSFDGAYSIEATCHAPNLEDVYGEIFRVLKPGSMYVSYEWVTTELYRGEDPEHVEVIQGIERGDALPGLRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025310`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025310

位置 Chr05:109519381-109520463 (+)

描述 Similar to SMT2: 24-methylenesterol C-methyltransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20330`	将S-腺苷甲硫氨酸的甲基转移至24-亚甲基洛芬醇（24-methylene lophenol）的亚甲基，生成24-亚乙基洛芬醇（24-ethylidene lophenol）。	暂无已核实直接文献
`At1g76090`	将S-腺苷甲硫氨酸的甲基转移至24-亚甲基洛芬醇（24-methylene lophenol）的亚甲基，生成24-亚乙基洛芬醇（24-ethylidene lophenol）。	暂无已核实直接文献
`At5g13710`	催化从 S-腺苷甲硫氨酸到环木菠萝烯醇 C-24 的甲基转移，形成 24-亚甲基环木菠萝烯醇。	Sterol methyltransferase 1 controls the level of cholesterol in plants.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.853

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0136200`	将S-腺苷甲硫氨酸的甲基转移至24-亚甲基洛芬醇（24-methylene lophenol）的亚甲基，生成24-亚乙基洛芬醇（24-ethylidene lophenol）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025310 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006972 hyperosmotic response 生物过程

GO:0007389 pattern specification process 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0032876 negative regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20330

ath:AT1G76090

ath:AT5G13710

ddi:DDB_G0288907

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.679

排名 1 · LXL04_025310 · OH-1004

线粒体0.164

排名 2 · LXL04_025310 · OH-1004

细胞质0.112

排名 3 · LXL04_025310 · OH-1004

细胞膜0.079

排名 4 · LXL04_025310 · OH-1004

细胞核0.076

排名 5 · LXL04_025310 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02353.27CMAS74-281 aa

PF01209.25Ubie_methyltran108-230 aa

PF13847.13Methyltransf_31122-233 aa

PF13489.13Methyltransf_23122-277 aa

PF13649.13Methyltransf_25127-221 aa

PF08241.19Methyltransf_11128-224 aa

PF08242.19Methyltransf_12128-223 aa

PF29244.1Methyltransf_ANTKMT129-229 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025310	`PF02353.27`	CMAS	74	281	4.1e-14	53.3
LXL04_025310	`PF01209.25`	Ubie_methyltran	108	230	3.3e-11	43.7
LXL04_025310	`PF13847.13`	Methyltransf_31	122	233	3.3e-17	63.3
LXL04_025310	`PF13489.13`	Methyltransf_23	122	277	2.6e-09	37.7
LXL04_025310	`PF13649.13`	Methyltransf_25	127	221	4e-19	69.8
LXL04_025310	`PF08241.19`	Methyltransf_11	128	224	6e-23	82.0
LXL04_025310	`PF08242.19`	Methyltransf_12	128	223	1.2e-10	42.7
LXL04_025310	`PF29244.1`	Methyltransf_ANTKMT	129	229	2.5e-06	28.6
LXL04_025310	`PF08498.16`	Sterol_MT_C	291	355	2.5e-23	82.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39227`	拟南芥	24-methylenesterol C-methyltransferase 2	81.111%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94JS4`	拟南芥	24-methylenesterol C-methyltransferase 3	79.109%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LM02`	拟南芥	Cycloartenol-C-24-methyltransferase	40.426%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82427`	水稻	24-methylenesterol C-methyltransferase 2	69.916%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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