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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_025234
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 108307407-108328505 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

6732 bp · LXL04_025234|LXL04_025234|OH1004|cDNA

ATGGATATTTTCAAATATTATAAATATGAGCAAacATTTAAATTCATTAAGTTGGTTATCTTGATAAAAAAAGATGCTTTAATATCACCAGTCGAAAAATTCGATGGCGAATTTTGCGAATTTAAAGCAAACTTGAAGAACGAGAAGATCTTACGGTGCTCCAAGAGGATGAAACGGTCtagagatgatgatgatgccTACAGCAGCTCCCAACTCAAGCGACCACTGATCTCTGAACACTCAAAGCACCCCCAAATGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

6732 bp · LXL04_025234|LXL04_025234|OH1004|CDS

ATGGATATTTTCAAATATTATAAATATGAGCAAACATTTAAATTCATTAAGTTGGTTATCTTGATAAAAAAAGATGCTTTAATATCACCAGTCGAAAAATTCGATGGCGAATTTTGCGAATTTAAAGCAAACTTGAAGAACGAGAAGATCTTACGGTGCTCCAAGAGGATGAAACGGTCTAGAGATGATGATGATGCCTACAGCAGCTCCCAACTCAAGCGACCACTGATCTCTGAACACTCAAAGCACCCCCAAATGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

2243 aa · LXL04_025234|LXL04_025234|OH1004|PROTEIN

MDIFKYYKYEQTFKFIKLVILIKKDALISPVEKFDGEFCEFKANLKNEKILRCSKRMKRSRDDDDAYSSSQLKRPLISEHSKHPQMMDKGTAQKLTANDALTYLEKVKDIFQNEKEKYDEFLKIMKDFKAQRIDTTGVITMVKELFKGHQELLLGFNPFLPKGFQITLPLDNHQQHHVIKKPLEMEEAVLFVNKIKMRFQGQDHVYKYFLDTLNKYKKENKSIKEVHQEVAALLNDQQDLLKEFINFLPNPSHTECKVNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_025234
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_025234
位置Chr05:108307407-108328505 (+)
描述Similar to ISE2: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH15 chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g70070 RNA 解旋酶参与 II 组内含子剪接。
Identification of a developmental transition in plasmodesmatal function during embryogenesis in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.5.1261
INCREASED SIZE EXCLUSION LIMIT 2 encodes a putative DEVH box RNA helicase involved in plasmodesmata function during Arabidopsis embryogenesis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.045666
Loss of INCREASED SIZE EXCLUSION LIMIT (ISE)1 or ISE2 increases the formation of secondary plasmodesmata.2010 · DOI: 10.1016/j.cub.2010.03.064
The chloroplastic DEVH-box RNA helicase INCREASED SIZE EXCLUSION LIMIT 2 involved in plasmodesmata regulation is required for group II intron splicing.2016 · DOI: 10.1111/pce.12603
At1g24190 作为转录阻遏蛋白。
Role of an Arabidopsis AP2/EREBP-type transcriptional repressor in abscisic acid and drought stress responses.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.033043
At1g70060 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At5g15020 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g01320 作为转录阻遏蛋白。
PAH-domain-specific interactions of the Arabidopsis transcription coregulator SIN3-LIKE1 (SNL1) with telomere-binding protein 1 and ALWAYS EARLY2 Myb-DNA binding factors.2010 · DOI: 10.1016/j.jmb.2009.11.065

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025234 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程
GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程
GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G24190
ath:AT1G70060
ath:AT1G70070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.628
排名 1 · LXL04_025234 · OH-1004
细胞质0.284
排名 2 · LXL04_025234 · OH-1004
细胞膜0.049
排名 3 · LXL04_025234 · OH-1004
线粒体0.044
排名 4 · LXL04_025234 · OH-1004
质体0.030
排名 5 · LXL04_025234 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23202.2PAH_ZNF598103-149 aa
PF02671.27PAH116-160 aa
PF02671.27PAH204-248 aa
PF02671.27PAH361-403 aa
PF08295.18Sin3_corepress472-563 aa
PF16879.11Sin3a_C863-1102 aa
PF00270.36DEAD1206-1360 aa
PF04851.22ResIII1207-1356 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_025234PF23202.2PAH_ZNF5981031498.4e-1658.7
LXL04_025234PF02671.27PAH1161604.5e-42142.2
LXL04_025234PF02671.27PAH2042484.5e-42142.2
LXL04_025234PF02671.27PAH3614034.5e-42142.2
LXL04_025234PF08295.18Sin3_corepress4725634e-35120.5
LXL04_025234PF16879.11Sin3a_C86311021.4e-38133.7
LXL04_025234PF00270.36DEAD120613601e-2487.9
LXL04_025234PF04851.22ResIII120713568.1e-0729.8
LXL04_025234PF22527.3DEXQc_Suv3122413542.4e-0731.2
LXL04_025234PF25446.2SH3_ISE2178819705.7e-84281.0
LXL04_025234PF08148.18DSHCT205922156.1e-31108.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
B9DFG3拟南芥DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH15 chloroplastic66.792%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O48686拟南芥Paired amphipathic helix protein Sin3-like 351.560%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O04539拟南芥Paired amphipathic helix protein Sin3-like 449.100%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LFQ3拟南芥Paired amphipathic helix protein Sin3-like 248.148%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SRH9拟南芥Paired amphipathic helix protein Sin3-like 147.650%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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