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基因概览

LXL04_025217

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 107961764-107966540 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2607 bp · LXL04_025217|LXL04_025217|OH1004|cDNA

ATGGATTCATCGTCTCCATCTCCATTGTCTCCGATTCATTTTGCATTAGCAACTTTGTTTGGAGCTTCAGTAATGGCGATCTCAGCCTTTTATATACACAAGCGCAGTGTTGATCAAGTCATCGAACGCCTCATCAAGCTCCGTCGACGGCCCGATCGGCCATACTCCGACCACGAAGATTTCTCTGCATACGAAGATGGAGATATTGATACTGATGATAGAAATTATCTTGATGAAGACGACGACGATGATGGTGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2607 bp · LXL04_025217|LXL04_025217|OH1004|CDS

ATGGATTCATCGTCTCCATCTCCATTGTCTCCGATTCATTTTGCATTAGCAACTTTGTTTGGAGCTTCAGTAATGGCGATCTCAGCCTTTTATATACACAAGCGCAGTGTTGATCAAGTCATCGAACGCCTCATCAAGCTCCGTCGACGGCCCGATCGGCCATACTCCGACCACGAAGATTTCTCTGCATACGAAGATGGAGATATTGATACTGATGATAGAAATTATCTTGATGAAGACGACGACGATGATGGTGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

868 aa · LXL04_025217|LXL04_025217|OH1004|PROTEIN

MDSSSPSPLSPIHFALATLFGASVMAISAFYIHKRSVDQVIERLIKLRRRPDRPYSDHEDFSAYEDGDIDTDDRNYLDEDDDDDGDDYVRNTHAYGLSCSLPNVGLANEWTSENASKPVSFGSLEKLVSDNLPPLRMNQRQGEHHHDNQSNPKMRVGSYSRIHTPRSPASYAYDGADNSDDDGTETVVEEDTQYFDEGINSSAHDIYSNIQSMSLVLSENANNNQGKVNSTVDHGSEKVEHLSENNTVSIPVNDGNIILP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025217`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025217

位置 Chr05:107961764-107966540 (+)

描述 Similar to AMPD: AMP deaminase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38280`	AMP 脱氨酶在能量代谢中起着至关重要的作用。	EMBRYONIC FACTOR 1 encodes an AMP deaminase and is essential for the zygote to embryo transition in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02411.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0693500`	AMP 脱氨酶在能量代谢中起着至关重要的作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0006188 IMP biosynthetic process 生物过程

GO:0009117 nucleotide metabolic process 生物过程

GO:0009167 purine ribonucleoside monophosphate metabolic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程

GO:0032263 GMP salvage 生物过程

GO:0032264 IMP salvage 生物过程

GO:0042632 cholesterol homeostasis 生物过程

GO:0046033 AMP metabolic process 生物过程

GO:0046034 ATP metabolic process 生物过程

GO:0046039 GTP metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38280

ddi:DDB_G0292266

dosa:Os07g0693500

mmu:109674

rno:362015

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.397

排名 1 · LXL04_025217 · OH-1004

细胞质0.249

排名 2 · LXL04_025217 · OH-1004

细胞核0.178

排名 3 · LXL04_025217 · OH-1004

高尔基体0.151

排名 4 · LXL04_025217 · OH-1004

线粒体0.116

排名 5 · LXL04_025217 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19326.6AMP_deaminase267-855 aa

PF00962.29A_deaminase684-813 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025217	`PF19326.6`	AMP_deaminase	267	855	1.2e-292	972.7
LXL04_025217	`PF00962.29`	A_deaminase	684	813	9.1e-09	35.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80452`	拟南芥	AMP deaminase	59.127%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84NP7`	水稻	Probable AMP deaminase	64.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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