LXL04_025214 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025214

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 107868401-107869809 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

858 bp · LXL04_025214|LXL04_025214|OH1004|cDNA

ATGGAAATGGAAGGTGGAATGGTGTTTGAAGCTTTGCTCAAAAATCAAAGCCTTTCTTTTCACTCCCCTTGGATTCCAAACTCCTTTCATGAAGAAAAAACGAACACAAAGAAGCAACCGGAAAACGAGGATAATTCCGATGATGACTACGAGAAATGTTTCCGACAACCGGAGAAGAAACGACGGCTATCGATGGATCAAGTTCAGTTTCTTGAAAGAAGTTTCGAGGAAGAGAATAAGCTTGAGCCAGAAAGAAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

858 bp · LXL04_025214|LXL04_025214|OH1004|CDS

ATGGAAATGGAAGGTGGAATGGTGTTTGAAGCTTTGCTCAAAAATCAAAGCCTTTCTTTTCACTCCCCTTGGATTCCAAACTCCTTTCATGAAGAAAAAACGAACACAAAGAAGCAACCGGAAAACGAGGATAATTCCGATGATGACTACGAGAAATGTTTCCGACAACCGGAGAAGAAACGACGGCTATCGATGGATCAAGTTCAGTTTCTTGAAAGAAGTTTCGAGGAAGAGAATAAGCTTGAGCCAGAAAGAAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

285 aa · LXL04_025214|LXL04_025214|OH1004|PROTEIN

MEMEGGMVFEALLKNQSLSFHSPWIPNSFHEEKTNTKKQPENEDNSDDDYEKCFRQPEKKRRLSMDQVQFLERSFEEENKLEPERKIQLAKELNLQPRQVAIWFQNRRARCKTKQLEKDYEILNSSYDKLKSEFDCLQKHNDTLKHEVEMLKEKLQQREKEEKDSIPSEISTKESDSNAEEQNRNPFSVETWSQEPKMVICKQEYANSVSTKSDIIDSYSDGNHSSFLEPCDSSNVFENQSDFSQDEEDNLTILRCPKIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025214`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025214

位置 Chr05:107868401-107869809 (-)

描述 Similar to HAT5: Homeobox-leucine zipper protein HAT5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g01470`	可能参与叶发育的转录激活子。	Ectopic expression of the Arabidopsis transcriptional activator Athb-1 alters leaf cell fate in tobacco.1995 · DOI: 10.1105/tpc.7.11.1773
`At2g22430`	转录激活子，可能作为对水分不足的生长调节因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0729700`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2X980`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os09g0470500`	可能的转录激活因子，结合DNA序列5'-CAAT[AT]ATTG-3'。	HD-Zip proteins of families I and II from rice: interactions and functional properties.2000 · DOI: 10.1007/pl00008671 Functional analysis of rice HOMEOBOX4 (Oshox4) gene reveals a negative function in gibberellin responses.2008 · DOI: 10.1007/s11103-007-9270-8

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22430

ath:AT3G01470

dosa:Os02g0729700

dosa:Os09g0470500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.978

排名 1 · LXL04_025214 · OH-1004

细胞质0.092

排名 2 · LXL04_025214 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 3 · LXL04_025214 · OH-1004

内质网0.011

排名 4 · LXL04_025214 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_025214 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046.36Homeodomain59-112 aa

PF02183.24HALZ114-156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025214	`PF00046.36`	Homeodomain	59	112	7.7e-17	61.6
LXL04_025214	`PF02183.24`	HALZ	114	156	3.6e-16	59.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q02283`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein HAT5	39.827%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P46668`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein ATHB-6	56.800%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YWR4`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein HOX16	57.895%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2X980`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein HOX16	57.895%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K498`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein HOX4	57.143%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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