LXL04_025166 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025166

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 107032679-107035254 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2208 bp · LXL04_025166|LXL04_025166|OH1004|cDNA

ATGAATAGTAATCACAAGAAGAGGAATTTTCAGATAGAGGCGTTCAAGCACAAAGTTGTGGTTGATCCAAAGTATGCTGATAAAACATGGAGGCTACTCGAGCATGCGATCAATGAGATTTATAATCATAATGCCAGTGGACTTAGCTTCGAAGAGCTTTACAGAAACGCCTACAACATGGTATTACACAAATTTGGGGAAAAACTATACACAGGGCTAGTATCCACCATGACTCGCCACCTCACCTCCATGTCCAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2208 bp · LXL04_025166|LXL04_025166|OH1004|CDS

ATGAATAGTAATCACAAGAAGAGGAATTTTCAGATAGAGGCGTTCAAGCACAAAGTTGTGGTTGATCCAAAGTATGCTGATAAAACATGGAGGCTACTCGAGCATGCGATCAATGAGATTTATAATCATAATGCCAGTGGACTTAGCTTCGAAGAGCTTTACAGAAACGCCTACAACATGGTATTACACAAATTTGGGGAAAAACTATACACAGGGCTAGTATCCACCATGACTCGCCACCTCACCTCCATGTCCAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

735 aa · LXL04_025166|LXL04_025166|OH1004|PROTEIN

MNSNHKKRNFQIEAFKHKVVVDPKYADKTWRLLEHAINEIYNHNASGLSFEELYRNAYNMVLHKFGEKLYTGLVSTMTRHLTSMSKSIEDTHGEMFLEELNNKWTDHNKALQMIRDILMYMDRTYVPSSHKTPVHELGLNLWRDNVIHLTGIQTRLQNTLLQLIHSERTGQIINRGLMRNIVKMLTDLGPSVYQSDLETPFLEVSAGFYRVESQDFIECCECGDYLQKAERRLNEEIDRVSHYLDSRTKIKITNVVEKEM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025166`
TK1151 ID	TkA06G077500
OH-1004 ID	LXL04_025166
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025166

位置 Chr05:107032679-107035254 (-)

描述 Similar to CUL3A: Cullin-3A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26830`	cullin-RING 泛素连接酶或 CUL3-RBX1-BTB 蛋白 E3 连接酶复合物的组成部分，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	Molecular and functional characterization of Arabidopsis Cullin 3A.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02302.x Arabidopsis has two redundant Cullin3 proteins that are essential for embryo development and that interact with RBX1 and BTB proteins to form multisubunit E3 ubiquitin ligase complexes in vivo.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.031989 Arabidopsis CUL3A and CUL3B genes are essential for normal embryogenesis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02467.x Arabidopsis CULLIN3 genes regulate primary root growth and patterning by ethylene-dependent and -independent mechanisms.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000328
`At1g69670`	cullin-RING 泛素连接酶或 CUL3-RBX1-BTB 蛋白 E3 连接酶复合物的组成部分，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	Molecular and functional characterization of Arabidopsis Cullin 3A.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02302.x Arabidopsis CUL3A and CUL3B genes are essential for normal embryogenesis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02467.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025166 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26830

ath:AT1G69670

ddi:DDB_G0284903

mmu:26554

rno:301555

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.655

排名 1 · LXL04_025166 · OH-1004

细胞核0.338

排名 2 · LXL04_025166 · OH-1004

高尔基体0.095

排名 3 · LXL04_025166 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 4 · LXL04_025166 · OH-1004

溶酶体／液泡0.064

排名 5 · LXL04_025166 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00888.30Cullin30-475 aa

PF26557.1Cullin_AB497-632 aa

PF10557.16Cullin_Nedd8665-727 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025166	`PF00888.30`	Cullin	30	475	1.3e-160	536.4
LXL04_025166	`PF26557.1`	Cullin_AB	497	632	4e-50	170.2
LXL04_025166	`PF10557.16`	Cullin_Nedd8	665	727	8.6e-26	90.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVH4`	拟南芥	Cullin-3A	76.126%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C9L0`	拟南芥	Cullin-3B	76.262%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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