LXL04_025158 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025158

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 106915073-106916460 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

819 bp · LXL04_025158|LXL04_025158|OH1004|cDNA

ATGGGTGATCACTTGGTTGTAGATGTGAATCGACCCATTAAAATTAGCGCTGACGTGGCAGCCCCTTCATCTTCCACTACAGAAGCTCCTGTAGTAGATGAAGTCGGGGCTTCTTATGATGAAGAAGCGCCTCTTTTAACAATGGCAGAGTGTCGTATTTGCCAGGAGGAAGATTCCATTGATGCTTTAGAGACACCCTGCACTTGCAATGGCAGTCTTAAGTATGCTCACAGGAAGTGTGTACAACACTGGTGCAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

819 bp · LXL04_025158|LXL04_025158|OH1004|CDS

ATGGGTGATCACTTGGTTGTAGATGTGAATCGACCCATTAAAATTAGCGCTGACGTGGCAGCCCCTTCATCTTCCACTACAGAAGCTCCTGTAGTAGATGAAGTCGGGGCTTCTTATGATGAAGAAGCGCCTCTTTTAACAATGGCAGAGTGTCGTATTTGCCAGGAGGAAGATTCCATTGATGCTTTAGAGACACCCTGCACTTGCAATGGCAGTCTTAAGTATGCTCACAGGAAGTGTGTACAACACTGGTGCAATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

272 aa · LXL04_025158|LXL04_025158|OH1004|PROTEIN

MGDHLVVDVNRPIKISADVAAPSSSTTEAPVVDEVGASYDEEAPLLTMAECRICQEEDSIDALETPCTCNGSLKYAHRKCVQHWCNEKGDIICEICHQPYQPGYIAPPPRPCMDETTIDIGEAWQISEADRQYLEAEYDDYNSTNASGAAFCRSAVLILMALLLLRHASSVPDSDTDGSDEDASTFLTLFLLRVAGFLLPCYIMVWAISILQRRRQRQEAAALAAAQFAFVLQAGQRRGIHLTVASVGPAPAQAPAPAPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025158`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_025158`
位置	Chr05:106915073-106916460 (+)
描述	Similar to SSM4: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase DOA10 (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025158` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程 GO:0036503 ERAD pathway 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0000837 Doa10p ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分 GO:0005637 nuclear inner membrane 细胞组分 GO:0005764 lysosome 细胞组分 GO:0005768 endosome 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:520348 hsa:115123 mmu:320253 rno:364878 sce:YIL030C 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.347

排名 1 · LXL04_025158 · OH-1004

细胞膜0.341

排名 2 · LXL04_025158 · OH-1004

内质网0.198

排名 3 · LXL04_025158 · OH-1004

细胞质0.174

排名 4 · LXL04_025158 · OH-1004

高尔基体0.122

排名 5 · LXL04_025158 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12906.14RINGv51-96 aa

PF12428.14DUF3675102-208 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025158	`PF12906.14`	RINGv	51	96	4e-13	50.0
LXL04_025158	`PF12428.14`	DUF3675	102	208	3.4e-31	109.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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