LXL04_024854 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024854

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 100580002-100583603 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2232 bp · LXL04_024854|LXL04_024854|OH1004|cDNA

ATGGGATTGGGTTCGCTAGCCTCCAGAGCTCTTCGATCGTCATCTTCATCTAGGGTTTTGTCAACAAATCCTAGATACAATCTTATTCGAACCATCGTCTCCACACCTGAGCTTCACAAACCTGAAGCCGCGGCCGAATCGGCATCTGAGCCCGATCTACCAAAGCGCACTCCTGTTGCCGGAGCTAGGGTTCATTTCCCCAATCCAGATGATGTTATCGAGGTCTTTGTGGATGGATATCCCGTTAAGATCCCGAAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2232 bp · LXL04_024854|LXL04_024854|OH1004|CDS

ATGGGATTGGGTTCGCTAGCCTCCAGAGCTCTTCGATCGTCATCTTCATCTAGGGTTTTGTCAACAAATCCTAGATACAATCTTATTCGAACCATCGTCTCCACACCTGAGCTTCACAAACCTGAAGCCGCGGCCGAATCGGCATCTGAGCCCGATCTACCAAAGCGCACTCCTGTTGCCGGAGCTAGGGTTCATTTCCCCAATCCAGATGATGTTATCGAGGTCTTTGTGGATGGATATCCCGTTAAGATCCCGAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

743 aa · LXL04_024854|LXL04_024854|OH1004|PROTEIN

MGLGSLASRALRSSSSSRVLSTNPRYNLIRTIVSTPELHKPEAAAESASEPDLPKRTPVAGARVHFPNPDDVIEVFVDGYPVKIPKGMTVLQACSVAGVDIPRFCYHDRLSIAGNCRMCLVEVEKSPKPVASCAMPALPGMKIKTDTPIAKKAREGVMEFLLMNHPLDCPICDQGGECDLQDQSMAFGSDRGRFTETKRSVVDKNLGPLVKTVMTRCIQCTRCVRFASEIAGVQDLGMLGRGSGEEIGTYVEKLMTSELS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024854`
TK1151 ID	TkA06G101630
OH-1004 ID	LXL04_024854
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024854

位置 Chr05:100580002-100583603 (+)

描述 Similar to NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37510`	线粒体膜呼吸链NADH脱氢酶（复合体I）的核心亚基，被认为属于催化所需的最小组装单元。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024854 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006120 mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone 生物过程

GO:0009060 aerobic respiration 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0032981 mitochondrial respiratory chain complex I assembly 生物过程

GO:0042773 ATP synthesis coupled electron transport 生物过程

GO:0042776 proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis 生物过程

GO:0045333 cellular respiration 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005758 mitochondrial intermembrane space 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G37510

hsa:4719

ppyg:129031966

sot:102594243

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.913

排名 1 · LXL04_024854 · OH-1004

细胞质0.055

排名 2 · LXL04_024854 · OH-1004

质体0.041

排名 3 · LXL04_024854 · OH-1004

细胞核0.039

排名 4 · LXL04_024854 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 5 · LXL04_024854 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13510.12Fer2_472-147 aa

PF00111.33Fer276-125 aa

PF10588.15NADH-G_4Fe-4S_3154-191 aa

PF22117.3Fer4_Nqo3207-273 aa

PF22151.3Fer4_NDSU1286-336 aa

PF00384.28Molybdopterin342-662 aa

PF09326.17NADH_dhqG_C704-736 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024854	`PF13510.12`	Fer2_4	72	147	1.4e-19	70.7
LXL04_024854	`PF00111.33`	Fer2	76	125	2e-06	28.4
LXL04_024854	`PF10588.15`	NADH-G_4Fe-4S_3	154	191	7.9e-17	61.2
LXL04_024854	`PF22117.3`	Fer4_Nqo3	207	273	2.3e-33	114.9
LXL04_024854	`PF22151.3`	Fer4_NDSU1	286	336	3.1e-30	104.2
LXL04_024854	`PF00384.28`	Molybdopterin	342	662	2.9e-104	349.6
LXL04_024854	`PF09326.17`	NADH_dhqG_C	704	736	2.9e-13	50.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGI6`	拟南芥	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial	78.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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