LXL04_024679 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024679

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 96569024-96573403 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2376 bp · LXL04_024679|LXL04_024679|OH1004|cDNA

ATGATGTCTGACGGCGTTGAAGACGAAGAGAAATGGCTGACAGCTGGCATCGCCGGCCTCCAACAGAACGCCTTTTACATGCATCGCGCTTTGGATTCGAACAATATAAAGGACGCGTTGAAATACTCTGCTCAGATGCTGTCGGAGTTGCGTACTTCGAGGCTTTCCCCTCACAAATACTATGAGCTCTATATGAGGGCATTCGATGAGTTGAGGAAGCTGGAGATATTTTTTAAGGAGGAGAGCAAGCGTAGTTGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2376 bp · LXL04_024679|LXL04_024679|OH1004|CDS

ATGATGTCTGACGGCGTTGAAGACGAAGAGAAATGGCTGACAGCTGGCATCGCCGGCCTCCAACAGAACGCCTTTTACATGCATCGCGCTTTGGATTCGAACAATATAAAGGACGCGTTGAAATACTCTGCTCAGATGCTGTCGGAGTTGCGTACTTCGAGGCTTTCCCCTCACAAATACTATGAGCTCTATATGAGGGCATTCGATGAGTTGAGGAAGCTGGAGATATTTTTTAAGGAGGAGAGCAAGCGTAGTTGCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

791 aa · LXL04_024679|LXL04_024679|OH1004|PROTEIN

MMSDGVEDEEKWLTAGIAGLQQNAFYMHRALDSNNIKDALKYSAQMLSELRTSRLSPHKYYELYMRAFDELRKLEIFFKEESKRSCSIIELYELVQHAGNILPRLYLLCTVGSVYIRSKEAPAKDILKDLVEMCRGIQHPLRGLFLRSYLSQVSRDKLPDIGSEYEGDENTVMDAVEFVLQNFTEMNKLWVRMQHQGPAREKEKREKERNELRDLVGKNLHVLGQIEGIDLELYRDTVLPRILEQVVNCKDDLAQYYLMD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024679`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024679

位置 Chr05:96569024-96573403 (-)

描述 Similar to VPS35B: Vacuolar protein sorting-associated protein 35B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75850`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Arabidopsis VPS35, a retromer component, is required for vacuolar protein sorting and involved in plant growth and leaf senescence.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn006
`At2g17790`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Loss-of-function mutations of retromer large subunit genes suppress the phenotype of an Arabidopsis zig mutant that lacks Qb-SNARE VTI11.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.069294
`At3g51310`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024679 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006624 vacuolar protein processing 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0007040 lysosome organization 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0010821 regulation of mitochondrion organization 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0032463 negative regulation of protein homooligomerization 生物过程

GO:0036010 protein localization to endosome 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75850

ath:AT2G17790

ath:AT3G51310

bta:521864

mmu:65114

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.584

排名 1 · LXL04_024679 · OH-1004

细胞核0.334

排名 2 · LXL04_024679 · OH-1004

高尔基体0.171

排名 3 · LXL04_024679 · OH-1004

溶酶体／液泡0.133

排名 4 · LXL04_024679 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 5 · LXL04_024679 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03635.24Vps3512-747 aa

PF27614.1VPS35L_N100-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024679	`PF03635.24`	Vps35	12	747	1.6e-287	956.7
LXL04_024679	`PF27614.1`	VPS35L_N	100	157	6.3e-07	29.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I0P8`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35B	74.619%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7X659`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35A	75.253%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A8R7K9`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35C	71.863%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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