LXL04_024543 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024543

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 93496763-93499814 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2259 bp · LXL04_024543|LXL04_024543|OH1004|cDNA

ATGCCTACAACTTCCTTTTCAATTCGTGTTCTACTATCTGCATACTTTCTTACAACTCTCTGCTTCTTCTCCCCTAACCCAGCAACAGCTTTGCACGTTGGGGAAGCGGAGGAAGAAGGTGGCGGTCCTCCGGTACCGGTGCCGGCAAGGCATGGAGCAGTGGTGAAGAAAGATAAGAGATGGAGTGTGGTTACGACGGAGTTCGGTGAGATCTCAGCCGTTAAAGTGGGAGATGGTAAAGATGGATTCTACCATCTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2259 bp · LXL04_024543|LXL04_024543|OH1004|CDS

ATGCCTACAACTTCCTTTTCAATTCGTGTTCTACTATCTGCATACTTTCTTACAACTCTCTGCTTCTTCTCCCCTAACCCAGCAACAGCTTTGCACGTTGGGGAAGCGGAGGAAGAAGGTGGCGGTCCTCCGGTACCGGTGCCGGCAAGGCATGGAGCAGTGGTGAAGAAAGATAAGAGATGGAGTGTGGTTACGACGGAGTTCGGTGAGATCTCAGCCGTTAAAGTGGGAGATGGTAAAGATGGATTCTACCATCTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

752 aa · LXL04_024543|LXL04_024543|OH1004|PROTEIN

MPTTSFSIRVLLSAYFLTTLCFFSPNPATALHVGEAEEEGGGPPVPVPARHGAVVKKDKRWSVVTTEFGEISAVKVGDGKDGFYHLQFITMEPNSLFLPVHLHSDMVFYVDSGSGTLYWVDLEKDDDKLRQVELQAGDVYRLPTGSFFYLQSNLDPDRRKLRINAIFSDSKEEIREGSSFGAYASVRDLILGFDNRVLQAALNVDEEVIEELRSGGKQAMIVHGVSKAKMTELWEVQYRIVTAFPGRMKNNNMIDVSNKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024543`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024543

位置 Chr05:93496763-93499814 (+)

描述 Similar to At2g18540: Vicilin-like seed storage protein At2g18540

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g18540`	种子储存蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g36700`	种子储存蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g28490`	种子储存蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024543 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0031640 killing of cells of another organism 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0070207 protein homotrimerization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0019863 IgE binding 分子功能

GO:0045735 nutrient reservoir activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18540

ath:AT2G28490

ath:AT4G36700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.288

排名 1 · LXL04_024543 · OH-1004

细胞膜0.234

排名 2 · LXL04_024543 · OH-1004

内质网0.226

排名 3 · LXL04_024543 · OH-1004

细胞质0.144

排名 4 · LXL04_024543 · OH-1004

细胞外0.132

排名 5 · LXL04_024543 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00190.29Cupin_187-208 aa

PF00190.29Cupin_1266-418 aa

PF07883.18Cupin_2302-362 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024543	`PF00190.29`	Cupin_1	87	208	4.6e-42	143.9
LXL04_024543	`PF00190.29`	Cupin_1	266	418	4.6e-42	143.9
LXL04_024543	`PF07883.18`	Cupin_2	302	362	4.6e-10	39.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IQK5`	拟南芥	Vicilin-like seed storage protein At2g18540	47.903%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JQG6`	拟南芥	Vicilin-like seed storage protein At4g36700	45.330%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SK09`	拟南芥	Vicilin-like seed storage protein At2g28490	31.552%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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