LXL04_024536 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024536

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 93244215-93247106 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

762 bp · LXL04_024536|LXL04_024536|OH1004|cDNA

ATGGGCAAAGGCGGTGGCTGTGTACCCAGCAAGAAAAGCCCACCTCTCGTTGACACCGGTAATGCTCCGGCCAGTATCAGTTCGCCCACCACCACTGCAGCCGAATCTCAAAGAAGAGACATTGAAGTTCCGATAGTGACAGTTGCGAAGCTTAAGATTCTGATTGTGTTCTACTCGATGTACGGACATGTTGAGACACTGGCGCGTAGGATGAAGAAGGGAGTCGACGGCGTTGAAGGAGTGGAAGCAGTTTTGTTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

762 bp · LXL04_024536|LXL04_024536|OH1004|CDS

ATGGGCAAAGGCGGTGGCTGTGTACCCAGCAAGAAAAGCCCACCTCTCGTTGACACCGGTAATGCTCCGGCCAGTATCAGTTCGCCCACCACCACTGCAGCCGAATCTCAAAGAAGAGACATTGAAGTTCCGATAGTGACAGTTGCGAAGCTTAAGATTCTGATTGTGTTCTACTCGATGTACGGACATGTTGAGACACTGGCGCGTAGGATGAAGAAGGGAGTCGACGGCGTTGAAGGAGTGGAAGCAGTTTTGTTCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

253 aa · LXL04_024536|LXL04_024536|OH1004|PROTEIN

MGKGGGCVPSKKSPPLVDTGNAPASISSPTTTAAESQRRDIEVPIVTVAKLKILIVFYSMYGHVETLARRMKKGVDGVEGVEAVLFRVPETLSDDVLKQMRAPSKDDEIVEIPSVDELESADGFLFGFPTRYGSMAAQMQAFFDSTSQLWGEQKLAGKPAGFFVSTGTQGGGQETTAWTGITQLAHHGMLFVPIGYTFGAGMFKIDSIRGGSPFGAGVFAGDGTRQPTETELALAEHQGKYMAGVVKKLAQAS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024536`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024536

位置 Chr05:93244215-93247106 (-)

描述 Similar to At4g36750: Probable NAD(P)H dehydrogenase (quinone) FQR1-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36750`	催化NADH和NADPH的电子转移，将醌还原为氢醌状态。	暂无已核实直接文献
`At4g27270`	催化NADH和NADPH的电子转移，将醌还原为氢醌状态。	暂无已核实直接文献
`At5g54500`	催化体外从 NADH 和 NADPH 向几种醌的电子转移。	暂无已核实直接文献
`At5g58800`	催化NADH和NADPH的电子转移，将醌还原为氢醌状态。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024536 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G27270

ath:AT4G36750

ath:AT5G54500

ath:AT5G58800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.701

排名 1 · LXL04_024536 · OH-1004

细胞核0.281

排名 2 · LXL04_024536 · OH-1004

线粒体0.089

排名 3 · LXL04_024536 · OH-1004

细胞膜0.081

排名 4 · LXL04_024536 · OH-1004

内质网0.078

排名 5 · LXL04_024536 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02525.23Flavodoxin_252-170 aa

PF00258.31Flavodoxin_155-188 aa

PF03358.21FMN_red64-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024536	`PF02525.23`	Flavodoxin_2	52	170	8.7e-07	29.6
LXL04_024536	`PF00258.31`	Flavodoxin_1	55	188	1.3e-11	45.6
LXL04_024536	`PF03358.21`	FMN_red	64	194	1e-13	51.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23207`	拟南芥	Probable NAD(P)H dehydrogenase (quinone) FQR1-like 2	67.153%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NQE2`	拟南芥	Probable NAD(P)H dehydrogenase (quinone) FQR1-like 1	65.657%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LSQ5`	拟南芥	NAD(P)H dehydrogenase (quinone) FQR1	64.646%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUX9`	拟南芥	Probable NAD(P)H dehydrogenase (quinone) FQR1-like 3	53.398%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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