LXL04_024442 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024442

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 90763078-90765754 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1764 bp · LXL04_024442|LXL04_024442|OH1004|cDNA

ATGAGACTCGTTCTTCACTGCAACAATATCGTTCATCTGTCTGACAATAATATCGAATCGGTTGCGAAACTATACAAAGATAAGGTGCAAAAACTAGAGATGAGGAAAGAATTGGTAGTTGGAGCGTCTGTGGCGACGGTGGCTACCTTGGTGGCGGCTGGAGTGCTGATGGTTCGTTGGAAGAAACGAGATGAGAGACGATGGAGACAGACGCAACGGATACTACGTAGATTCGCTAGGGACTGTGCTACTCCGGTGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1764 bp · LXL04_024442|LXL04_024442|OH1004|CDS

ATGAGACTCGTTCTTCACTGCAACAATATCGTTCATCTGTCTGACAATAATATCGAATCGGTTGCGAAACTATACAAAGATAAGGTGCAAAAACTAGAGATGAGGAAAGAATTGGTAGTTGGAGCGTCTGTGGCGACGGTGGCTACCTTGGTGGCGGCTGGAGTGCTGATGGTTCGTTGGAAGAAACGAGATGAGAGACGATGGAGACAGACGCAACGGATACTACGTAGATTCGCTAGGGACTGTGCTACTCCGGTGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

587 aa · LXL04_024442|LXL04_024442|OH1004|PROTEIN

MRLVLHCNNIVHLSDNNIESVAKLYKDKVQKLEMRKELVVGASVATVATLVAAGVLMVRWKKRDERRWRQTQRILRRFARDCATPVPKLWHVAFDLVSDMQTSLSDQSQTDFVMLPSYTSSLPNGNEEGLYYGVNLREDNFLLLSARLRGKHESITDLQREEVDIPAEVISGGLKELFDFIALKLAVFISTKTKTDPIAPKGKLGFTVSFPLLEGPAAATHKNVIRWKSFSVNDAVGKELAHEVNEALGKHGIDLRVSAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024442`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024442

位置 Chr05:90763078-90765754 (-)

描述 Similar to At4g37840: Probable hexokinase-like 2 protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37840`	果糖和葡萄糖磷酸化酶。	暂无已核实直接文献
`At4g29130`	果糖和葡萄糖磷酸化酶。	Role of the Arabidopsis glucose sensor HXK1 in nutrient, light, and hormonal signaling.2003 · DOI: 10.1126/science.1080585 Mitochondria-associated hexokinases play a role in the control of programmed cell death in Nicotiana benthamiana.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.041509 Cooperative control between AtRGS1 and AtHXK1 in a WD40-repeat protein pathway in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.00851 Sugar and hexokinase suppress expression of PIP aquaporins and reduce leaf hydraulics that preserves leaf water potential.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13568 The role of HEXOKINASE1 in Arabidopsis leaf growth.2019 · DOI: 10.1007/s11103-018-0803-0 Guard cells control hypocotyl elongation through HXK1, HY5, and PIF4.2021 · DOI: 10.1038/s42003-021-02283-y HEXOKINASE1 forms a nuclear complex with the PRC2 subunits CURLY LEAF and SWINGER to regulate glucose signaling.2022 · DOI: 10.1111/jipb.13261

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0722700`	果糖和葡萄糖磷酸化酶。	Structure, expression, and functional analysis of the hexokinase gene family in rice (Oryza sativa L.).2006 · DOI: 10.1007/s00425-006-0251-y

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024442 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001678 intracellular glucose homeostasis 生物过程

GO:0006006 glucose metabolic process 生物过程

GO:0006096 glycolytic process 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G29130

ath:AT4G37840

nta:107797523

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.364

排名 1 · LXL04_024442 · OH-1004

线粒体0.230

排名 2 · LXL04_024442 · OH-1004

细胞核0.210

排名 3 · LXL04_024442 · OH-1004

内质网0.139

排名 4 · LXL04_024442 · OH-1004

细胞膜0.112

排名 5 · LXL04_024442 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00349.28Hexokinase_175-273 aa

PF03727.23Hexokinase_2280-513 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024442	`PF00349.28`	Hexokinase_1	75	273	4.1e-38	131.9
LXL04_024442	`PF03727.23`	Hexokinase_2	280	513	1.3e-64	218.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T071`	拟南芥	Probable hexokinase-like 2 protein	55.556%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42525`	拟南芥	Hexokinase-1	45.992%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2KNB7`	水稻	Hexokinase-9	42.857%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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