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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_024235
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 85479882-85484801 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1363 bp · LXL04_024235|LXL04_024235|OH1004|cDNA

ATGGATACCTTACAAGTTACATCTTTggactctctctctctctctctctctctctctctctctcatgaAACAGATTGGGGTTGGGCACCCTCATCGAAGCACCTCCAAAATACTCTTGCTCATAACCTTAACCCTAATCATCCTCACTGTCGTCCCTCTCTATTTCCCTTTCAACAAATTCCCGTCGCTATCTTCCTCCAACCATTCTTCCTCCCTTTCACCGGACACCATCTCGCCGGAGAACCACTCACATGACCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1299 bp · LXL04_024235|LXL04_024235|OH1004|CDS

ATGAAACAGATTGGGGTTGGGCACCCTCATCGAAGCACCTCCAAAATACTCTTGCTCATAACCTTAACCCTAATCATCCTCACTGTCGTCCCTCTCTATTTCCCTTTCAACAAATTCCCGTCGCTATCTTCCTCCAACCATTCTTCCTCCCTTTCACCGGACACCATCTCGCCGGAGAACCACTCACATGACCCACTCATCACTATCGACGATAACCACCACAAATGCGATGTGTTTTCCGGCGAGTGGGTACCAAACCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

432 aa · LXL04_024235|LXL04_024235|OH1004|PROTEIN

MKQIGVGHPHRSTSKILLLITLTLIILTVVPLYFPFNKFPSLSSSNHSSSLSPDTISPENHSHDPLITIDDNHHKCDVFSGEWVPNPKAPYYLNTTCWAIHEHQNCQKYGRPDSDFMKWRWKPDECDLSIFNPYQFLEIVRDKALAFVGDSVGRNHMQSLICMLSRVEYPIDVSTTKDENFKRWYYESYNFTLATYWSPFLVKFKEPNADDPTHTGIFNLYLDEYDVWTNQIDDFNYLIINGGHWFSRPSLYYEKGQIIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_024235
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_024235
位置Chr05:85479882-85484801 (+)
描述Similar to TBL19: Protein trichome birefringence-like 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g15900 可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。 暂无已核实直接文献
At5g15890 可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。 暂无已核实直接文献
At3g02440 可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。 暂无已核实直接文献
At3g28150 木葡聚糖乙酰转移酶，催化木葡聚糖侧链上岩藻糖基化 Gal 残基的乙酰化。
O-acetylation of Arabidopsis hemicellulose xyloglucan requires AXY4 or AXY4L, proteins with a TBL and DUF231 domain.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.091728
Xyloglucan O-acetyltransferases from Arabidopsis thaliana and Populus trichocarpa catalyze acetylation of fucosylated galactose residues on xyloglucan side chains.2018 · DOI: 10.1007/s00425-018-2972-0

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024235 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0016413 O-acetyltransferase activity 分子功能
GO:1990538 xylan O-acetyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02440
ath:AT3G28150
ath:AT5G15890
ath:AT5G15900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.491
排名 1 · LXL04_024235 · OH-1004
内质网0.099
排名 2 · LXL04_024235 · OH-1004
溶酶体／液泡0.081
排名 3 · LXL04_024235 · OH-1004
细胞膜0.078
排名 4 · LXL04_024235 · OH-1004
细胞外0.068
排名 5 · LXL04_024235 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14416.12PMR5N75-127 aa
PF13839.13PC-Esterase128-415 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_024235PF14416.12PMR5N751279.7e-2174.6
LXL04_024235PF13839.13PC-Esterase1284151.4e-92311.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LFT0拟南芥Protein trichome birefringence-like 1957.702%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LFT1拟南芥Protein trichome birefringence-like 2157.256%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9M896拟南芥Protein trichome birefringence-like 2059.012%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LRS2拟南芥xyloglucan O-acetyltransferase 241.954%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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