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基因概览

LXL04_024218

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 84720235-84720801 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

567 bp · LXL04_024218|LXL04_024218|OH1004|cDNA

ATGCAAGCCGGCGATCTTCCTAATTCCCACTACTTAACCATGAACCTACACAACAACCCACCAATCATGCAATTTAATCTCAACACACCTTCAAATAATTACCCATTCTACCATCTTCACATGAACCACGGTCAATCCCAATACCAAGAAACTAACCCTGGTTACTTTCGCAACAACTCAACTTCAGATGAAGCCGATGAACAACAACTAACGATCATCAATGAAAGGAAACAGAGAAGAATGATATCGAACAGAGAGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

567 bp · LXL04_024218|LXL04_024218|OH1004|CDS

ATGCAAGCCGGCGATCTTCCTAATTCCCACTACTTAACCATGAACCTACACAACAACCCACCAATCATGCAATTTAATCTCAACACACCTTCAAATAATTACCCATTCTACCATCTTCACATGAACCACGGTCAATCCCAATACCAAGAAACTAACCCTGGTTACTTTCGCAACAACTCAACTTCAGATGAAGCCGATGAACAACAACTAACGATCATCAATGAAAGGAAACAGAGAAGAATGATATCGAACAGAGAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

188 aa · LXL04_024218|LXL04_024218|OH1004|PROTEIN

MQAGDLPNSHYLTMNLHNNPPIMQFNLNTPSNNYPFYHLHMNHGQSQYQETNPGYFRNNSTSDEADEQQLTIINERKQRRMISNRESARRSRMRKQKHLDELWSQVVWLRNENHQLVDKLNKFSGTHEQVVQENAQLKEEASELREMVNKLQLSRTYPSLMDLDDINSISNALFLRTESSISSSSEFF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024218`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024218

位置 Chr05:84720235-84720801 (-)

描述 Similar to BZIP43: Basic leucine zipper 43

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g38800`	可能参与体细胞胚胎发生的转录因子。	Stress-related function of bHLH109 in somatic embryo induction in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.jplph.2016.02.012
`At1g68880`	基本亮氨酸拉链蛋白 8。	暂无已核实直接文献
`At1g75390`	与 MAN7 启动子的 DNA G-box 基序 5'- CACGTG-3' 结合的转录因子。	Arabidopsis thaliana bZIP44: a transcription factor affecting seed germination and expression of the mannanase-encoding gene AtMAN7.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12162
`At2g18160`	转录因子，可结合靶基因启动子中的特定DNA序列。	暂无已核实直接文献
`At3g62420`	可能结合靶基因启动子中的特定序列并激活转录。	A novel subgroup of bZIP proteins functions as transcriptional activators in hypoosmolarity-responsive expression of the ProDH gene in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch036 Combinatorial control of Arabidopsis proline dehydrogenase transcription by specific heterodimerisation of bZIP transcription factors.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601206 A pivotal role of the basic leucine zipper transcription factor bZIP53 in the regulation of Arabidopsis seed maturation gene expression based on heterodimerization and protein complex formation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062968 Heterodimers of the Arabidopsis transcription factors bZIP1 and bZIP53 reprogram amino acid metabolism during low energy stress.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.075390 A novel method to identify the DNA motifs recognized by a defined transcription factor.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0234-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024218 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006971 hypotonic response 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:2000693 positive regulation of seed maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68880

ath:AT1G75390

ath:AT2G18160

ath:AT3G62420

ath:AT5G38800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.975

排名 1 · LXL04_024218 · OH-1004

细胞质0.104

排名 2 · LXL04_024218 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 3 · LXL04_024218 · OH-1004

内质网0.010

排名 4 · LXL04_024218 · OH-1004

质体0.009

排名 5 · LXL04_024218 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07716.21bZIP_275-120 aa

PF00170.27bZIP_176-124 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024218	`PF07716.21`	bZIP_2	75	120	2.2e-08	34.8
LXL04_024218	`PF00170.27`	bZIP_1	76	124	7.2e-15	55.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMC2`	拟南芥	Basic leucine zipper 43	49.375%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CA46`	拟南芥	Basic leucine zipper 8	51.042%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0Z2L5`	拟南芥	bZIP transcription factor 44	47.619%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SI15`	拟南芥	bZIP transcription factor 2	37.143%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZP8`	拟南芥	bZIP transcription factor 53	43.023%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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