RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_024133
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 81896397-81900768 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1792 bp · LXL04_024133|LXL04_024133|OH1004|cDNA

ACAAATTAGCTCGTTTTACTTGTACCCAAATATTAATGAACATAGattttgattttaaaaatatatgaaaaatatataattactgTCAAACTCAAACTTTAGAGTTTTCATGAGTTGCTGACGCCATCGATTacttttaaaataataaataaatagaaatattaaatattatattgCAAGGTCTTTTTCGAGTGAAAAAGAGAACTGAATCTCTTCAATTATTCTCGTGTGCCCATTCACGAAGGTTTTCTTCCCCATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1488 bp · LXL04_024133|LXL04_024133|OH1004|CDS

ATGGAGGGATCAGGTCATGGTACAAGCAGTGTGGACATGTTCTTGAGGAACTACAAGCTTGGGAAAACACTTGGGATTGGTTCATTTGGTAAAGTGAAAATTGCAGAACATGCTTTAACAAGGCACAAAGTTGCCATAAAGATCCTTAATCGTCGCAAAATCAAAAACATGGACATGGAAGAAAAAGTTAGAAGAGAGATCAAGATCCTAAGACTATTCATGCATCCACATATTATCCGTCTATACGAAGTTATAGAAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

495 aa · LXL04_024133|LXL04_024133|OH1004|PROTEIN

MEGSGHGTSSVDMFLRNYKLGKTLGIGSFGKVKIAEHALTRHKVAIKILNRRKIKNMDMEEKVRREIKILRLFMHPHIIRLYEVIETPSDIYVVMEYVKSGELFDYIVEKGRLQEDEGRNFFQQIISGVEYCHRNMVVHRDLKPENLLLDSKCNVKIADFGLSNIMRDGHFLKTSCGSPNYAAPEVISGKLYAGPEVDVWSCGVILYALLCGTLPFDDENIPNLFKKIKGGIYTLPSHLSPGARDLIPRMLVVDPMKRIT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_024133
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_024133
位置Chr05:81896397-81900768 (-)
描述Similar to KIN10: SNF1-related protein kinase catalytic subunit alpha KIN10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g01090 可能的三聚体 SNF1 相关蛋白激酶 复合物的催化亚基，是细胞能量稳态的中央调节器，它响应看似无关的黑暗、糖和压力条件，激活能量产生途径并抑制能量消耗过程。
Regulatory interaction of PRL1 WD protein with Arabidopsis SNF1-like protein kinases.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.9.5322
A central integrator of transcription networks in plant stress and energy signalling.2007 · DOI: 10.1038/nature06069
Cross-phosphorylation between Arabidopsis thaliana sucrose nonfermenting 1-related protein kinase 1 (AtSnRK1) and its activating kinase (AtSnAK) determines their catalytic activities.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m109.079194
AKIN10 and FUSCA3 interact to control lateral organ development and phase transitions in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04832.x
Overlapping and distinct roles of AKIN10 and FUSCA3 in ABA and sugar signaling during seed germination.2012 · DOI: 10.4161/psb.21549
Inverse modulation of the energy sensor Snf1-related protein kinase 1 on hypoxia adaptation and salt stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1111/pce.12375
AKIN10 delays flowering by inactivating IDD8 transcription factor through protein phosphorylation in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0503-8
Quantitative phosphoproteomics of protein kinase SnRK1 regulated protein phosphorylation in Arabidopsis under submergence.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw107
AKIN10, a representative Arabidopsis SNF1-related protein kinase 1 (SnRK1), phosphorylates and downregulates plant HMG-CoA reductase.2017 · DOI: 10.1002/1873-3468.12618
Phosphorylation of WRINKLED1 by KIN10 Results in Its Proteasomal Degradation, Providing a Link between Energy Homeostasis and Lipid Biosynthesis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00019
The AMP-Activated Protein Kinase KIN10 Is Involved in the Regulation of Autophagy in Arabidopsis .2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.01201
SnRK1 activates autophagy via the TOR signaling pathway in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1371/journal.pone.0182591
SnRK1 phosphorylation of FUSCA3 positively regulates embryogenesis, seed yield, and plant growth at high temperature in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx233
The Energy-Signaling Hub SnRK1 Is Important for Sucrose-Induced Hypocotyl Elongation.2018 · DOI: 10.1104/pp.17.01395
The Role of Arabidopsis Inositol Polyphosphate Kinase AtIPK2β in Glucose Suppression of Seed Germination and Seedling Development.2018 · DOI: 10.1093/pcp/pcx186
Involvement of the SnRK1 subunit KIN10 in sucrose-induced hypocotyl elongation.2018 · DOI: 10.1080/15592324.2018.1457913
At3g29160 可能的三聚体 SNF1 相关蛋白激酶 复合物的催化亚基，是细胞能量稳态的中央调节器，它响应看似无关的黑暗、糖和压力条件，激活能量产生途径并抑制能量消耗过程。
Regulatory interaction of PRL1 WD protein with Arabidopsis SNF1-like protein kinases.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.9.5322
A central integrator of transcription networks in plant stress and energy signalling.2007 · DOI: 10.1038/nature06069

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0530500 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶参与发芽和幼苗生长过程中的糖信号传导。
The SnRK1A protein kinase plays a key role in sugar signaling during germination and seedling growth of rice.2007 · DOI: 10.1105/tpc.105.037887
Os08g0484600 在长日照（LD）条件下抑制开花，通过上调 HD1 和下调 EHD1 实现。
The Oryza sativa Regulator HDR1 Associates with the Kinase OsK4 to Control Photoperiodic Flowering.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005927
UniProt: B8BBT7 在长日照（LD）条件下抑制开花，通过上调 HD1 和下调 EHD1 实现。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024133 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0003006 developmental process involved in reproduction 生物过程
GO:0005982 starch metabolic process 生物过程
GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程
GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009594 detection of nutrient 生物过程
GO:0009635 response to herbicide 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009743 response to carbohydrate 生物过程
GO:0009749 response to glucose 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G01090
ath:AT3G29160
dosa:Os05g0530500
dosa:Os08g0484600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.575
排名 1 · LXL04_024133 · OH-1004
细胞核0.415
排名 2 · LXL04_024133 · OH-1004
细胞膜0.156
排名 3 · LXL04_024133 · OH-1004
溶酶体／液泡0.054
排名 4 · LXL04_024133 · OH-1004
高尔基体0.051
排名 5 · LXL04_024133 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase18-270 aa
PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr19-265 aa
PF14531.13Kinase-like124-218 aa
PF00627.38UBA281-316 aa
PF16579.12AdenylateSensor375-473 aa
PF02149.26KA1453-494 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_024133PF00069.32Pkinase182701.4e-81274.5
LXL04_024133PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr192658.9e-41140.6
LXL04_024133PF14531.13Kinase-like1242187.2e-0729.5
LXL04_024133PF00627.38UBA2813164.8e-0627.0
LXL04_024133PF16579.12AdenylateSensor3754731.8e-0629.1
LXL04_024133PF02149.26KA14534946.2e-1452.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q38997拟南芥SNF1-related protein kinase catalytic subunit alpha KIN1081.445%Swiss-Prot强数据库同源证据
P92958拟南芥SNF1-related protein kinase catalytic subunit alpha KIN1177.624%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q852Q2水稻Serine/threonine protein kinase OSK173.973%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q852Q1水稻Serine/threonine protein kinase OSK470.508%Swiss-Prot强数据库同源证据
B8BBT7水稻Serine/threonine protein kinase OSK470.508%Swiss-Prot强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看