LXL04_024132 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024132

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 81884130-81888731 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4284 bp · LXL04_024132|LXL04_024132|OH1004|cDNA

ATGGGGTGCCCGAACCAACTGCCCGAAGGAATCACAGCTGCCCGAGACACCAAAGACTGCTCCCCTTCCTCTTCCCCTTCCCCTTCTTCAACTTCTTCAGCATTCATGGTGAATTCAGAAATCGGTGCAGTTCTAGCAGTCATGAGAAGAAACGTTCGATGGGGTGTTCAATACATGGACAACGAAGACCAATTAGAACACGAACACCCTCTCATAAAATCCTTCAAACAAATCCGCAAAAAGATCTTCTCATTTCAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

4284 bp · LXL04_024132|LXL04_024132|OH1004|CDS

ATGGGGTGCCCGAACCAACTGCCCGAAGGAATCACAGCTGCCCGAGACACCAAAGACTGCTCCCCTTCCTCTTCCCCTTCCCCTTCTTCAACTTCTTCAGCATTCATGGTGAATTCAGAAATCGGTGCAGTTCTAGCAGTCATGAGAAGAAACGTTCGATGGGGTGTTCAATACATGGACAACGAAGACCAATTAGAACACGAACACCCTCTCATAAAATCCTTCAAACAAATCCGCAAAAAGATCTTCTCATTTCAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1427 aa · LXL04_024132|LXL04_024132|OH1004|PROTEIN

MGCPNQLPEGITAARDTKDCSPSSSPSPSSTSSAFMVNSEIGAVLAVMRRNVRWGVQYMDNEDQLEHEHPLIKSFKQIRKKIFSFQHKWHTINPSFYLQPFLDVIQSDETSAPITGVALSSIYKILTLEVIDLDTVNVSESLHSIVDAVTSCRFEVTDPASEEVVLMKILQVLLGCMKNKASVKLSNQHVCNVVNTCFQIVHQAGAKGELLQRTARHTMHELIRCVFMHLQDVGSKEDEVAHEVNMPNNDPSSMSNGYTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024132`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024132

位置 Chr05:81884130-81888731 (-)

描述 Similar to GN: ARF guanine-nucleotide exchange factor GNOM

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13980`	通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。	Cell wall alterations in the arabidopsis emb30 mutant.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.11.2047 EMB30 is essential for normal cell division, cell expansion, and cell adhesion in Arabidopsis and encodes a protein that has similarity to Sec7.1994 · DOI: 10.1016/0092-8674(94)90444-8
`At5g39500`	通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。	Functional diversification of closely related ARF-GEFs in protein secretion and recycling.2007 · DOI: 10.1038/nature05967 An ARF-GEF acting at the Golgi and in selective endocytosis in polarized plant cells.2007 · DOI: 10.1038/nature06023 GNOM-LIKE1/ERMO1 and SEC24a/ERMO2 are required for maintenance of endoplasmic reticulum morphology in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068270
`At5g19610`	通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。	GNOM-LIKE 2, encoding an adenosine diphosphate-ribosylation factor-guanine nucleotide exchange factor protein homologous to GNOM and GNL1, is essential for pollen germination in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2009.00858.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024132 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0009942 longitudinal axis specification 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13980

ath:AT5G19610

ath:AT5G39500

cel:CELE_C24H11.7

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.526

排名 1 · LXL04_024132 · OH-1004

高尔基体0.322

排名 2 · LXL04_024132 · OH-1004

细胞膜0.185

排名 3 · LXL04_024132 · OH-1004

细胞核0.157

排名 4 · LXL04_024132 · OH-1004

溶酶体／液泡0.125

排名 5 · LXL04_024132 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12783.14Sec7-like_HUS304-464 aa

PF01369.26Sec7550-733 aa

PF23325.2TPR_281228-1399 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024132	`PF12783.14`	Sec7-like_HUS	304	464	5.7e-39	134.3
LXL04_024132	`PF01369.26`	Sec7	550	733	3.9e-72	242.4
LXL04_024132	`PF23325.2`	TPR_28	1228	1399	7.9e-42	143.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42510`	拟南芥	ARF guanine-nucleotide exchange factor GNOM	61.742%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FLY5`	拟南芥	ARF guanine-nucleotide exchange factor GNL1	59.168%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4K2K3`	拟南芥	ARF guanine-nucleotide exchange factor GNL2	39.522%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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