LXL04_024061 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024061

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 79300965-79302525 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

948 bp · LXL04_024061|LXL04_024061|OH1004|cDNA

ATGCAGGCTAAAAGACACTTTACAGAAGCTCTTGTTGATGGCAATGTGCTCTTTAAACTTGGAGATGATGGCTATGTTCAGCTTTTCAAGTATACTTATTTGGTTTCTAAATGTAGGCTGAAGAGGGCGAGGACAGCTACATACTTGGTGCCTTATTCAACCTACCAAAACTTGCCACGTGAAGTTGAAGGAGATGGGAATGAATATGATTCCACTATATCATCTGAATTTGATGTTAATGCAACTGTTAATGAAGATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

948 bp · LXL04_024061|LXL04_024061|OH1004|CDS

ATGCAGGCTAAAAGACACTTTACAGAAGCTCTTGTTGATGGCAATGTGCTCTTTAAACTTGGAGATGATGGCTATGTTCAGCTTTTCAAGTATACTTATTTGGTTTCTAAATGTAGGCTGAAGAGGGCGAGGACAGCTACATACTTGGTGCCTTATTCAACCTACCAAAACTTGCCACGTGAAGTTGAAGGAGATGGGAATGAATATGATTCCACTATATCATCTGAATTTGATGTTAATGCAACTGTTAATGAAGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

315 aa · LXL04_024061|LXL04_024061|OH1004|PROTEIN

MQAKRHFTEALVDGNVLFKLGDDGYVQLFKYTYLVSKCRLKRARTATYLVPYSTYQNLPREVEGDGNEYDSTISSEFDVNATVNEDSTIQNNKRSEMRMLDLYSGCGAMSTGLCLGANMANVNLVTVRNESAEDFLQLLKEWEKLCQSYSLIGGGDSQPKEEPATIEEDEEVEEEDDNDVDNVEIFEVDQILSICYGDPKEIKKRDLYLKVRWKGYGPEEDTWEPLEGLSDCHDKIKEFVIQLCFAMTINKAQGQTIQNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024061`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024061

位置 Chr05:79300965-79302525 (-)

描述 Similar to CMT3: DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69770`	参与CpXpG序列（如CHG位点胞嘧啶）的甲基化及基因沉默。	Requirement of CHROMOMETHYLASE3 for maintenance of CpXpG methylation.2001 · DOI: 10.1126/science.1059745 Arabidopsis cmt3 chromomethylase mutations block non-CG methylation and silencing of an endogenous gene.2001 · DOI: 10.1101/gad.905701 Genome-wide profiling of DNA methylation reveals transposon targets of CHROMOMETHYLASE3.2002 · DOI: 10.1016/s0960-9822(01)00622-4 JMJ24 targets CHROMOMETHYLASE3 for proteasomal degradation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1101/gad.274647.115

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0226800`	参与CpXpG DNA甲基化（通过同源推测）。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q5KQL9`	参与CpXpG DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`Os10g0104900`	参与CpXpG DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024061 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0141010 transposable element silencing by siRNA-mediated DNA methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0003886 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69770

dosa:Os03g0226800

dosa:Os05g0224800

dosa:Os05g0224900

dosa:Os10g0104900

osa:4338140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.613

排名 1 · LXL04_024061 · OH-1004

细胞质0.343

排名 2 · LXL04_024061 · OH-1004

线粒体0.060

排名 3 · LXL04_024061 · OH-1004

细胞外0.049

排名 4 · LXL04_024061 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_024061 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00385.31Chromo186-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024061	`PF00385.31`	Chromo	186	239	1.3e-12	48.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94F88`	拟南芥	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3	43.805%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A0A0P0VUY4`	水稻	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT1	40.625%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5KQL9`	水稻	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2	38.813%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0SQ89`	水稻	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3	40.741%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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