LXL04_024051 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024051

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 78818496-78820345 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1590 bp · LXL04_024051|LXL04_024051|OH1004|cDNA

ATGCGCAATTTAGAACACTATTCGTGTAATTTACTCTTTGTTAATCCAATCTACACGTTTCCTCGAACCAACCACACACAACCGGCGACGGCGACACTCCCAAATCATCAAGCTGTCACTCCCATTCCGATGCACAAACAATATCCGAACACACCGTCGTTGATCACATCAAGGTTCGGCCGTTTCAGATACCCAATATCAGCTACAGTCGTTATTTTCAATCGATTCACTTCGTTTCCCCCAAATTTCACAATCAGCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1590 bp · LXL04_024051|LXL04_024051|OH1004|CDS

ATGCGCAATTTAGAACACTATTCGTGTAATTTACTCTTTGTTAATCCAATCTACACGTTTCCTCGAACCAACCACACACAACCGGCGACGGCGACACTCCCAAATCATCAAGCTGTCACTCCCATTCCGATGCACAAACAATATCCGAACACACCGTCGTTGATCACATCAAGGTTCGGCCGTTTCAGATACCCAATATCAGCTACAGTCGTTATTTTCAATCGATTCACTTCGTTTCCCCCAAATTTCACAATCAGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

529 aa · LXL04_024051|LXL04_024051|OH1004|PROTEIN

MRNLEHYSCNLLFVNPIYTFPRTNHTQPATATLPNHQAVTPIPMHKQYPNTPSLITSRFGRFRYPISATVVIFNRFTSFPPNFTISYCFHTRSRRRIGIVMKKLRSYYMHLRHPHTAERKWMYPLAVGSVVSLFLLFLATLTSPDGAAVLPLYRYYASGRASVFVEDKLRAIPVSTLPPPPRLAYFISGSKHDGDMLKRTLLALYHPINRYVIHLDAESSPEERVELHQFVNTHPVFMKFGNVAMITKANLVTYRGPTMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024051`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024051

位置 Chr05:78818496-78820345 (-)

描述 Similar to GLCAT14B: Beta-glucuronosyltransferase GlcAT14B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15050`	β-葡萄糖醛酸基转移酶参与 II 型阿拉伯半乳聚糖的生物合成。	Arabidopsis thaliana glucuronosyltransferase in family GT14.2014 · DOI: 10.4161/psb.28891
`At5g39990`	β-葡萄糖醛酸基转移酶参与 II 型阿拉伯半乳聚糖的生物合成。	A β-glucuronosyltransferase from Arabidopsis thaliana involved in biosynthesis of type II arabinogalactan has a role in cell elongation during seedling growth.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12353
`At2g37585`	β-葡萄糖醛酸基转移酶参与 II 型阿拉伯半乳聚糖的生物合成。	Arabidopsis thaliana glucuronosyltransferase in family GT14.2014 · DOI: 10.4161/psb.28891

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024051 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006024 glycosaminoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0015012 heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0030166 proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0050650 chondroitin sulfate proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0070555 response to interleukin-1 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37585

ath:AT5G15050

ath:AT5G39990

cfa:494008

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.778

排名 1 · LXL04_024051 · OH-1004

内质网0.076

排名 2 · LXL04_024051 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 3 · LXL04_024051 · OH-1004

细胞质0.045

排名 4 · LXL04_024051 · OH-1004

细胞外0.040

排名 5 · LXL04_024051 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02485.28Branch183-442 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024051	`PF02485.28`	Branch	183	442	4.3e-78	263.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFQ0`	拟南芥	Beta-glucuronosyltransferase GlcAT14B	68.276%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FLD7`	拟南芥	Beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A	66.219%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S8P3`	拟南芥	Beta-glucuronosyltransferase GlcAT14C	52.528%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情