RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_024032
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 78278187-78280533 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1131 bp · LXL04_024032|LXL04_024032|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTCTTCATGATTCGGAAACTAAAGTCCCTTCTCTCTACAGCCGCAAAGAGAAGTCTCTCGGCGTCTTATGCTCCAATTTCTTGAGGCTGTATAACCGAGAAGGCGTTGAATCGATAGGACTTGACAACGCAGCAAACCAATTAGGTGTTGAGAGGCGGCGAATCTACGACATCGTCAACATATTAGAAAGCGTTGGGGTATTGACAAGGAAAGCTAAGAATCAGTATACCTGGAAGGGTTTTAAAGCAATTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · LXL04_024032|LXL04_024032|OH1004|CDS

ATGGCGTCTCTTCATGATTCGGAAACTAAAGTCCCTTCTCTCTACAGCCGCAAAGAGAAGTCTCTCGGCGTCTTATGCTCCAATTTCTTGAGGCTGTATAACCGAGAAGGCGTTGAATCGATAGGACTTGACAACGCAGCAAACCAATTAGGTGTTGAGAGGCGGCGAATCTACGACATCGTCAACATATTAGAAAGCGTTGGGGTATTGACAAGGAAAGCTAAGAATCAGTATACCTGGAAGGGTTTTAAAGCAATTCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

376 aa · LXL04_024032|LXL04_024032|OH1004|PROTEIN

MASLHDSETKVPSLYSRKEKSLGVLCSNFLRLYNREGVESIGLDNAANQLGVERRRIYDIVNILESVGVLTRKAKNQYTWKGFKAIPHALEELRKQASTNDNLKMSQYCNFGTVANENDSRGPSISNNSNTDSLTKTSGSHKSDTNRKEKSLGLLTQNFIKLFISSKEDLISLDSAATALLGDVHDPTAMRTKVRRLYDIANVFSSMNLLEKMRHPESGKPSFRWLGLKGHQKTECTTLDTNSSKRRAFGTDITNNDNND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_024032
TK1151 IDTkA06G185940
OH-1004 IDLXL04_024032
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_024032
位置Chr05:78278187-78280533 (+)
描述Similar to E2FE: E2F transcription factor-like E2FE
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g48160 E2F 依赖性基因表达激活抑制剂。
E2Ls, E2F-like repressors of Arabidopsis that bind to E2F sites in a monomeric form.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200913200
The DP-E2F-like gene DEL1 controls the endocycle in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2004.12.038
Atypical E2F activity restrains APC/CCCS52A2 function obligatory for endocycle onset.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0806510105
At3g01330 E2F 依赖性基因表达激活抑制剂。
E2Ls, E2F-like repressors of Arabidopsis that bind to E2F sites in a monomeric form.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200913200
Role of an atypical E2F transcription factor in the control of Arabidopsis cell growth and differentiation.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.023978
At5g14960 抑制依赖 E2F 的基因表达调控。
E2Ls, E2F-like repressors of Arabidopsis that bind to E2F sites in a monomeric form.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200913200
The E2FD/DEL2 factor is a component of a regulatory network controlling cell proliferation and development in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9577-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024032 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0032466 negative regulation of cytokinesis 生物过程
GO:0032876 negative regulation of DNA endoreduplication 生物过程
GO:0032877 positive regulation of DNA endoreduplication 生物过程
GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G01330
ath:AT3G48160
ath:AT5G14960
dre:567941
mmu:52679
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.961
排名 1 · LXL04_024032 · OH-1004
细胞质0.132
排名 2 · LXL04_024032 · OH-1004
细胞膜0.017
排名 3 · LXL04_024032 · OH-1004
线粒体0.015
排名 4 · LXL04_024032 · OH-1004
内质网0.008
排名 5 · LXL04_024032 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02319.27WHD_E2F_TDP18-82 aa
PF02319.27WHD_E2F_TDP148-227 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_024032PF02319.27WHD_E2F_TDP18822.1e-43146.6
LXL04_024032PF02319.27WHD_E2F_TDP1482272.1e-43146.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LSZ4拟南芥E2F transcription factor-like E2FE48.011%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8RWL0拟南芥E2F transcription factor-like E2FF46.866%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LFQ9拟南芥E2F transcription factor-like E2FD40.365%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看